技術路線
1.提取總RNA
2.分離mRNA
mRNA片段化
反轉錄合成雙鏈cDNA
雙鏈DNA末端修復及3'末端加‘A'
使用特定的測序接頭連接DNA片段兩端
Fusion聚合酶擴增構建成PCR文庫
3.成簇(Cluster)擴增
4.高通量測序(Hiseq2000)
5.生物信息學分析
信息分析內容
1.InsertSize長度檢驗
2.比對信息統計
3.隨機性實驗檢驗圖
4.基因覆蓋度、深度統計
這項分析主要給出每個基因被Reads 覆蓋的百分比(Coverage)、堿基的平均測序深度(sequencing depth)、比對到該基因上的總Reads 數目、Uniquely 比對到該基因上的Reads 總數以及基因的描述等信息
5.基因差異表達分析
比較不同樣品間表達差異的基因,給出在每個樣品中上調/下調基因及GO分類圖形
送樣要求
樣品濃度:總RNA樣品濃度不低于400 ng/ul,總量不低于20ug,并進行去蛋白及DNase處理。
樣品純度:總RNA樣品OD值在1.8-2.2之間,制備樣品時請不要使用LiCl沉淀。建議在條件允許情況下,提供可供兩次樣品制備的量,以保證測序的按時進行。
需提供每個樣品具體的濃度、體積、溶劑成分、制備時間以及物種來源,同時附上QC數據,可包括電泳膠圖、分光光度或者Nanodrop儀器檢測數據、Agilent Bioanalyzer儀器檢測數據等(我們要求至少要有其中一種的檢測結果),確保總RNA 28S:18S至少大于1.8。