技術(shù)路線
1.基因組DNA樣本制備
2.測(cè)序文庫構(gòu)建 基因組DNA片段化 雙鏈DNA末端修復(fù)及3'末端加‘A' 使用特定的測(cè)序接頭連接DNA片段兩端 Fusion聚合酶擴(kuò)增構(gòu)建成PCR文庫
3.DNA成簇(Cluster)擴(kuò)增
4.高通量測(cè)序(Hiseq2000)
5.生物信息學(xué)分析
信息分析內(nèi)容
基因組重測(cè)序是對(duì)已有參考序列的物種進(jìn)行基因組測(cè)序,獲得基因組圖譜,在此基礎(chǔ)上對(duì)個(gè)體或者群體樣品進(jìn)行差異性分析;或者對(duì)不同組織(如腫瘤)進(jìn)行測(cè)序,分析體細(xì)胞突變。全基因組的重測(cè)序可以幫助客戶在全基因組水平上掃描并檢測(cè)與重要性狀相關(guān)的基因組變異,發(fā)現(xiàn)單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)(SNP)、插入缺失位點(diǎn)(InDel)、拷貝數(shù)變異(CNV)、染色體結(jié)構(gòu)變異位點(diǎn)(SP)等變異類型,以此尋找目標(biāo)相關(guān)的生物標(biāo)記,預(yù)測(cè)重要性狀候選基因及進(jìn)行遺傳進(jìn)化分析等。
送樣要求
1. 植物樣品:濃度≥200ng/μl,總量≥500μg,OD值應(yīng)在1.8-2.0之間,樣品濃度越高越好。需為黑暗無菌條件下培養(yǎng)的黃化苗或組培樣品,最好為純合或單倍體。 2. 動(dòng)物樣品:濃度≥200ng/μl,總量≥500μg,OD值介于1.8-2.0之間。應(yīng)挑選肌肉、血等脂肪含量較少的組織進(jìn)行取樣。測(cè)序樣品最好為純合體。 3. 細(xì)菌:濃度≥200 ng/μl,總量≥50 μg;OD值介于1.8-2.0之間的細(xì)菌基因組DNA,并確保電泳檢測(cè)無明顯RNA條帶,基因組條帶清晰、完整,主帶應(yīng)在100 kb以上,DNA無降解,無污染。 4. 真菌:樣品濃度≥200 ng/μl,總量≥50 μg,OD值介于1.8-2.0之間的DNA,樣品濃度越高越好。真菌的De novo 測(cè)序獲得精細(xì)圖,若基因組大小介于10~45Mb之間,需提供至少100μg的DNA,若基因組大小大于45Mb,則需200 μg的DNA。 |