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對于檢測較少幾種miRNA的表達差異通常采用Real-Time PCR的來對miRNA進行檢測,其具有快速、特異性強、靈敏度高等優點。
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簡介
MicroRNAs(miRNAs)是一種小的內源性非編碼RNA分子,大約由21-25個核苷酸組成。這些小的miRNA通常靶向一個或者多個mRNA,通過翻譯水平的抑制或直接降解靶標mRNAs而調節基因的表達。
miRNAs起源于內源性表達轉錄本,廣泛存在于線蟲、果蠅、植物、哺乳動物等眾多生物體中。
miRNA途徑開始于一個miRNA基因的pri-miRNA(PrimarymiRNA)轉錄本;這個70-100nt的發卡RNAs(pri-miRNA)在核內被核糖核酸酶Drosha加工處理而最終成為pre-miRNA(Precursor miRNA);之后pre-miRNA被核輸出蛋白exportin 5轉運入胞質,接著被第二個核糖核酸酶Dicer消化為21-25nt的miRNA;這個階段的miRNA可以結合RISC(RNA-Induced Silencing Complex)并與靶標mRNA互補并列;miRNA和靶序列的互補程度決定了靶基因mRNA在翻譯水平被部分抑制或被直接降解。
植物體中,促進靶mRNA降解是主要的工作方式,而哺乳動物中則以翻譯水平的抑制為主要方式。
microRNA的表達檢測
由于miRNAs在眾多程序的調控,諸如發育、細胞增殖和凋亡以及腫瘤發生相關等領域發揮作用,因此miRNAs的鑒定和定量研究成為迅速發展的研究領域。miRNA的發現可以通過克隆特定組織、細胞或者某個生物體特定發育階段的miRNA并測序完成。microRNA芯片或qPCR的檢測方法比較簡單,可以快速的對定量已知的miRNA表達差異。
1、microRNA 芯片服務
Agilent Technologies Inc.開發出具有獨特設計的miRNA檢測芯片,能特異性地檢測出成熟的miRNA并能很好地區分高度同源的miRNA 分子。該平臺還具有特異性高、靈敏度高等特點。可以廣泛地應用于檢測和比較各類樣品的miRNA表達狀態,并通過分析其調控的靶基因來深入分析其調控機制或生物學功能。
作為miRNA芯片的后起之秀,Agilent miRNA芯片自上市之初就受到業界廣泛關注,上市兩年來,其優異的性能指標更是獲得科研工作者的廣泛認可,2009年穩占國內市場應用第一名。
Agilent microRNA芯片技術特點:
1. 唯一能通過特殊的探針設計區分成熟miRNA和miRNA前體的芯片平臺;
2. 無需分離miRNA,直接用Total RNA 進行實驗,只需100ng的Total RNA 即可用來進行標記實驗,避免了分離、富集、放大等過程帶來的影響;
3. 樣品適用范圍廣:組織、血清、血漿、FFPE、冰凍切片組織、脫落細胞等均可進行實驗;
4. 高特異性:特殊的專利探針設計能區別一個堿基的差異;
5. 高靈敏度:檢測豐度跨4個log,最高可達6個log,只要存在6000個拷貝的分子就可以檢出。
2、qPCR檢測microRNA的表達
對于檢測較少幾種miRNA的表達差異通常采用Real-Time PCR的來對miRNA進行檢測,其具有快速、特異性強、靈敏度高等優點。
工作原理 :
莖凸環結構的逆轉錄引物能與miRNA 3'端部分結合,在逆轉錄酶的作用下進行逆轉錄反應,然后特異的正反向引物和SYBR Green熒光染料共同參與的定量PCR反應體系,實現對逆轉錄產物進行定量檢測。
檢測優點: