LncRNA簡介
LncRNA (Long noncoding RNAs, LncRNAs) 長鏈非編碼RNA， 起初被認為是基因組轉錄的“噪音”，是RNA聚合酶II轉錄的副產物，不具有生物學功能。然而，近年來的研究表明，LncRNA參與了X染色體沉默（圖A），基因組印記以及染色質修飾，轉錄激活（圖B），轉錄干擾，核內運輸等多種重要的調控過程，LncRNA的這些調控作用也開始引起人們廣泛的關注。
哺乳動物基因組序列中4%~9%的序列產生的轉錄本是LncRNA（相應的蛋白編碼RNA的比例是1%），雖然近年來關于LncRNA的研究進展迅猛，但是絕大部分LncRNA的功能仍不清楚，隨著研究的推進，各類 LncRNA 的大量發現，LncRNA 的研究將是 RNA 基因組研究非常吸引人的一個方向，使人們逐漸認識到基因組存在人類知之甚少的“暗物質”。
圖A：LncRNA參與X染色體的沉默； 圖B：LncRNA參與基因的轉錄激活。
服務介紹
漢恒生物的LncRNA專家團隊可以為您提供從LncRNA篩選、驗證，LncRNA的功能探索以及更深層次的靶點尋找和表達調控機制探索等全方位的服務。
1. 差異性的LncRNA的篩選
A、生物信息學預測
根據客戶提供的轉錄組信息、基因特征，通過與數據庫（agilent_ncRNA、LncRNAdb、Gencode V13、H-invDB、UCSC_lincRNAsTranscripts等）比較，去除已知可能蛋白編碼轉錄本、tRNA、rRNA、repeat等預測可能的LncRNA
B、高通量的表達譜芯片
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芯片名稱 |
物種 |
格式 |
非冗余探針統計 |
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hanbio Human LncRNA芯片 （漢恒高通量LncRNA芯片) |
人 |
4*180K |
LncRNA 46506 條 + mRNA 30656 條 |
C、新一代的測序
具有現代的DNA測序技術的快速測序速度已經有助于達到測序完整的DNA序列。通過逆轉錄法，將LncRNA逆轉錄成cDNA，確定某一段序列，再通過RACE方法，確定已知序列的兩端的序列。
2.生物信息學分析
根據高通量芯片數據，經過大型服務器處理，進行以下幾項專業的生物信息學分析：
A、芯片數據預處理：對實驗數據質量評估，預處理及均一化處理。
B、差異LncRNA和mRNA 的篩選：
圖：差異LncRNA和mRNA 的篩選
C、聚類分析：針對芯片結果進行樣本及差異表達LncRNA和mRNA的聚類，尋找屬于同一表達趨勢的基因或樣本。
圖：聚類分析
D、功能富集分析：差異基因，應用數據庫進行功能富集分析，挖掘具有統計學意義的差異表達基因的功能類別。
圖：功能富集分析聚類分析
E、LncRNA-mRNA/microRNA相關性分析：根據設定的閾值篩選LncRNA與mRNA/microRNA關系對，構建LncRNA-mRNA共表達網絡。
圖：LncRNA-mRNA/microRNA相關性分析
F、LncRNA靶基因預測：基于LncRNA與mRNA/miRNA表達相關性以及LncRNA與mRNA/microRNA基因組位置近鄰關系，得到LncRNA的潛在靶標基因。以及通過網絡數據庫miR CODE、Cat RAPID等進行預測LncRNA可能調控的miRNA和基因。（個性化定制）
圖：miRcode數據庫
圖：CatRAPID數據庫
G、LncRNA功能分析：對于已知功能的LncRNA，我們對LncRNA進行功能標注。對于未知功能的LncRNA，我們預測其功能，并進行功能富集分析。（個性化定制）
3、LncRNA的功能研究
A、LncRNA的表達變化-漢恒生物獨有高靈敏度LncRNA檢測技術（LncPrimerTM）
通過漢恒生物獨有高靈敏度LncRNA檢測引物庫（LncPrimerTM），利用QPCR、FISH技術，在各種細胞、動物模型中，檢測LncRNA在細胞和組織水平的分布和變化。
B、Gain of Function（體內和體外）
利用漢恒生物HanbioTM系列高效表達病毒載體（慢病毒、腺病毒等）全長過表達LncRNA
圖：漢恒生物HanbioTM系列-高效過表達慢病毒和腺病毒載體
C、Loss of Function（體內和體外）
◆ 合成片段siRNA；
◆ 漢恒生物HanbioTM系列高效表達病毒載體（慢病毒、腺病毒等）表達shRNA；
圖：漢恒生物HanbioTM系列-高效下調慢病毒和腺病毒載體
◆ ASO（antisenseoligonucleotide，反義寡核苷酸），主要針對細胞核內的反義RNA起作用。
D、LncRNA沉默與定位分析(Combined knockdown and localization analysis of noncoding RNAs, c-KLAN)技術
圖：c-KLAN技術
4、LncRNA的調控機制研究
A、表觀遺傳研究-DNA甲基化
利用MSP、BSP技術，研究LncRNA對DNA甲基化的調控。
B、表觀遺傳研究-染色質重塑
利用ChIP技術，研究LncRNA對染色質重塑的調控。
C、轉錄調控研究
通過EMSA、RIP（下圖所示）、ChIRP、Co-IP等技術，研究LncRNA與轉錄因子間的相互作用。
圖：RIP技術流程
技術優勢
1.漢恒生物擁有由若干LncRNA研究專家組成的專業LncRNA研究團隊，技術水平卓越，專注于LncRNA整體服務，可為您提供一體化的LncRNA系統研究方案；
2.漢恒生物已成功完成許多LncRNA項目，擁有成熟的LncRNA相關經驗；
3.如需要詳細的LncRNA課題/實驗指導，歡迎登陸漢恒官網www.hanbio.net與漢恒生物的LncRNA專家交流探討更多細胞功能學研究領域。直擊以下鏈接通過QQ與我們的技術工程師一對一交流！
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