LncRNA 簡介

     長鏈非編碼RNA（Long non-coding RNA, lncRNA）是一類長度超過200nt的長鏈非編碼RNA分子，是RNA聚合酶II轉錄的副產物，它可在多種層面上（表觀遺傳調控、轉錄調控以及轉錄后調控等）調控基因的表達。據統計，哺乳動物蛋白編碼基因占總RNA的1%，長鏈非編碼RNA占總RNA的比例可達4%-9%，這些長鏈非編碼RNA是基因功能研究的又一座寶庫。

     目前發現的許多lncRNA都具有保守的二級結構，一定的剪切形式以及亞細胞定位。它們在基因組上相對于蛋白編碼基因的位置，可以分為5種：、正義鏈（sense）、反義鏈（antisense）、雙向（bidirectional）、內含子間（intronic）、基因間（intergenic），其所在的位置與其功能有一定的相關性。

LncRNA的作用機制

LncRNA的作用機制比較復雜，可能通過多種機制發揮作用，目前發現的lncRNA的作用機制包括：

1)在蛋白編碼基因上游啟動子區發生轉錄，干擾下游基因的轉錄表達；

2)抑制RNA聚合酶II活性、介導染色質重構或組蛋白修飾等，影響相關基因表達；

3)與蛋白編碼基因的mRNA結合，干擾mRNA的剪切成熟過程；

4)與蛋白編碼基因的mR N A結合，在D i c e r酶作用下產生內源性的siRNA，從而調控相關基因的表達；

5)lncRNA還可結合到特定蛋白質上調節相應蛋白的活性；

6)通過結合到特定蛋白上，改變該蛋白的胞質定位。

總體說來，lncRNA通過表觀遺傳學調控、轉錄調控、轉錄后調控、蛋白活性調控等多種方式調控相關基因的作用。

LncRNA的研究方法

1)生物信息學分析；

2)表達檢測：特異性qRT-PCR表達檢測；

3)功能研究：特異性針對lncRNA的RNA干擾；外源過表達分析；表達譜芯片分析lncRNA功能。

研究LncRNA相關需要注意一下問題：

1、 lncRNA大部分都是定位于細胞核內，具有高度二級結構的RNA，與DNA、蛋白相互結合形成復合體，阻止了siRNA與lncRNA的結合效率。

2、 lncRNA在很多細胞類型或者模型中表達豐度很低，所以在進行RNAi干擾之前建議進行基因的基礎表達水平的檢測，做到干擾前后心中有數。

3、 lncRNA很多表達豐度很低，由于lncRNA目前檢檢測方法在RNA本身，所以一定確保PCR反應體系穩定性，重復性和可信度，篩選時候用SYBR染料法，在條件允許情況下使用taqman探針法進行檢測。

4、 并非所有lncRNA是可以得到好的干擾效果的。如果當你在陽性對照得到了80-90%抑制效率，lncRNA設計了5-8條序列都沒有好的干擾效率，那么lncRNA很難被干擾，可能與RNA結構和相關作用蛋白以及作用通路的機理有關，建議使用其他的方式進行抑制。

5、 RNA反轉錄試劑盡量使用隨機引物或者特異性進行逆轉錄，很多lncRNA沒有polyA。

6、 細胞核中的lncRNA，最好用ASO（反義核酸）進行Knock down。

7、 一般推薦設計3-5條siRNA,選擇1-2條最高效的序列進行后續試驗。

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