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外顯子組測序技術應用于發現急性紅細胞白血病(AEL)新突變中的應用

瀏覽次數:2645 發布日期:2016-11-7  來源:本站 僅供參考,謝絕轉載,否則責任自負

急性紅細胞白血病(AEL)是白血病(AML)亞型中的一種,在老年人白血病中的占比較高。相對于其他類型的AML,AEL病人有更加poor-risk的細胞遺傳學異常和不良的預后。雖然針對AEL的外顯子突變位點發現已有一些報道。但是,針對AEL的完整突變譜發現還沒有相關報道。研究人員運用外顯子組測序技術,發現了AML相關的高頻突變基因GATA2和CEBPA等突變,為理解急性紅細胞白血病的發生發展過程提供了新的證據。
 

研究思路
研究結果

1. 外顯子組測序篩選AML相關高頻突變

為了篩選和AML相關的特異性高頻突變,研究人員對158個臨床AEL病人(91個男性,67個女性)進行了詳細的臨床分類(37個MDS-AEL,108個N-AEL,13個AML-MRC)和細胞遺傳學特性分析。然后運用全外顯子測序(由上海伯豪二代測序平臺提供),研究人員對其中的6個AEL樣本及其remission樣本進行了體細胞突變分析,共發現了436個白血病相關的涉及到288個基因的非同義突變(428個錯義,8個無義突變)。其中,有45個突變多次出現,包括4個case出現CEBPA突變,2個case出現GATA2突變。

接下來,研究人員在58個AEL病人中(29個N-AEL,9個AML-MRC,13個MDS-AEL,7個普通AEL)進行了GATA2,CEBPA,NPM1和FLT3-ITD的18個突變的Sanger測序驗證。結果顯示,有42個病人中有17個攜帶一個突變,25個攜帶2個突變,6個攜帶3個突變,3個攜帶4個突變。其中,CEBPA突變頻率為32.7%,GATA2突變頻率為22.4%,NPM1突變頻率為15.5%,SETBP1突變頻率為12.1%,U2AF1突變頻率為12.1%。值得注意的是,在AML發現的突變(IDH1,IDH2和RAS)并沒有在AEL中出現。
 

GATA2是一個和造血功能相關的鋅指轉錄因子,在該研究中共有13個AEL出現突變。分析顯示,這些突變影響7個不同的氨基酸區域。其中,10個病人的突變位于N-terminal ZF1,3個病人的突變位于轉錄激活區域(Q20H),12個病人的突變為錯義突變,其中又有9個位于DNA-binding N-terminal zinc-finger區域。

此外,為了探究GATA2與血液病的關系,研究人員對253個non-AEL AML,40個慢性骨髓白血病,55個B細胞白血病和38個T細胞白血病人進行了檢測。結果顯示,只有5.5%的non-AEL AML和15%慢性骨髓白血病發生突變。因此,GATA2是AEL特有的高頻突變。

2. GATA2 ZF1突變模型分析

為了更加深入地理解GATA2突變對蛋白水平的影響,研究人員對AEL的GATA2 ZF1突變模型進行了分析。結果顯示,P304,A318,L321,R330區域是GATA家族蛋白保守區域,對DNA-binding功能非常重要。根據已有對gata3蛋白晶體結構的發現,研究人員構建了3個gata3蛋白晶體結構(PDB code 4hc9, 4hca and 4hc7B)。結果顯示,P304, A318, L321和 R330的突變殘基都位于gata2的蛋白表面,是直接與DNA結合的部位。因此,在這里發現的GATA2突變削弱了該蛋白與DNA的結合能力。

3. GATA2突變的功能研究

既然GATA2的突變影響了蛋白與DNA的結合能力,那么,這種變化對細胞的功能有什么影響?研究人員在293T細胞中共轉了GATA-responsive reporter(wild type和mutants)。結果顯示,轉染mutants時,轉錄活性降低。當共轉Wt-GATA2和突變R330X-GATA2時,Wt-GATA2轉錄活性顯著降低,暗示著R330X-GATA2包含Wt-GATA2的負調控dominant。當在小鼠骨髓細胞32D中過表達GATA2突變時,紅細胞相關抗原,Ter-119,β-globin,βh1-globin表達增加,血紅蛋白positivity增加。因此,該結果表明,GATA2突變影響了血紅細胞的發育過程。

研究結論
 

本研究通過外顯子組測序,發現了AEL相關的特異性體細胞突變。其中,對GATA2的大樣本驗證及不同類型白血病樣本驗證,表明其實AEL所特有的高頻突變。此外,通過突變轉染的細胞實驗研究表明,GATA2的突變影響力紅細胞的發育過程。該研究為理解急性紅細胞白血病的發病機制提供了新的證據。

原文出處:Ping N, Sun A, Song Y, et al. Exome sequencing identifies highly recurrent somatic GATA2 and CEBPA mutations in acute erythroid leukemia. Leukemia. 2016

發布者:上海伯豪生物技術有限公司
聯系電話:021-58955370
E-mail:market@shbio.com

標簽: 外顯子 測序
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