10x Genomics 空間轉錄組學自推出以來，主要針對各種新鮮冰凍組織。而現在，大家期待已久的FFPE樣品也可以做啦！！！今天，就讓小編帶您了解利用FFPE樣品進行空間轉錄組學研究的方法吧。

背 景
結合了組織學技術的優點和FFPE樣品高通量測序技術，Visium Spatial Gene Expression for FFPE 是對由病理學專家判斷為主的傳統分析方法的補充。利用該技術，在人和小鼠的FFPE樣品中，可以在高分辨率水平對整個組織切片超過18000個基因表達進行分析。通過對FFPE組織樣本的轉錄組測序分析，可以檢測任意通路中的任何基因、解決組織異質性并揭示形態學背景下空間組織的細胞類型和狀態。此外，通過與免疫熒光技術（IF）相結合，可在同一時間可視化蛋白和基因的表達信息。

Fig.1 從FFPE樣品中獲得形態學背景下高分辨率的基因表達信息

實驗流程

首先將FFPE組織切片放置在Visium基因表達芯片上，進行組織學成像（形態學背景的H&E染色或使用IF技術對蛋白共檢測）。然后，用RTL探針集在組織中靶向雜交和連接，并用RNase酶處理和透化，與芯片上的捕獲探針結合延伸。最后，進行建庫測序和數據分析及可視化。

獨特的RTL探針設計

Visium for FFPE陣列利用RNA模板連接技術（RTL），首先針對編碼蛋白轉錄組基因設計特異性探針對，然后將探針對與組織內的靶標基因進行雜交，雜交后探針對互相連接。隨后進行組織透化來釋放組織中已連接在一起的探針對，并與芯片上的捕獲探針結合，從而捕獲到基因的表達信息。

Fig.2 針對整個FFPE組織切片測序分析的工作流程。A.實驗流程概述。B. RTL探針集捕獲轉錄組原理
 

冰凍組織和FFPE組織的Visium空間轉錄組結果比較

分別使用小鼠腦的新鮮冰凍組織和FFPE組織進行空間轉錄組分析，結果如下：
 

Fig.3 FFPE與新鮮冰凍組織結果比較。A.兩種組織結果測序飽和度。B.Hpca基因在兩種組織的表達模式。C.FFPE連續切片的聚類結果和檢測到的總UMI數。

人乳腺導管癌FFPE樣品中可檢測到大約18000個基因

利用Visium Spatial Gene Expression for FFPE技術，可在人乳腺導管癌原位FFPE樣品中探測到大約18000個基因。

Fig.4 覆蓋全FFPE組織樣品中的全轉錄組探測結果。A.腫瘤FFPE組織切片 H&E染色圖。B. 基因總探測數。C.spot分群結果圖。D.乳腺癌關鍵基因的空間分布和表達水平。