STR鑒定報告看不懂，希爾博士來解憂
今天就來分享STR的鑒定報告如何解讀？
1.STR檢測流程
首先了解下STR檢測流程，先提取細(xì)胞DNA, 然后進(jìn)行PCR擴(kuò)增及測序，最后進(jìn)行結(jié)果分析。詳細(xì)檢測流程請看下圖：
▲圖1 STR檢測流程
* Dr.Cell 采用的細(xì)胞STR鑒定方法完全符合美國國家標(biāo)準(zhǔn)局（NIST）頒布的細(xì)胞鑒定標(biāo)準(zhǔn)-ANSI/ATCC ASN-0002-2011, 并且在中國CMA認(rèn)證與司法鑒定許可的實驗室進(jìn)行檢測。
完整的細(xì)胞STR檢測報告請查閱（STR Report-Sample），報告上會列出受檢細(xì)胞系STR基因分型結(jié)果附表（圖2），表格中將列出所有實際檢測位點信息。第2列“Sample”為樣本檢測得到的STR位點信息, 該結(jié)果是根據(jù)實際PCR擴(kuò)增后檢測到的片段長度得到的數(shù)據(jù)信息。第3列為ATCC、DSMZ等數(shù)據(jù)庫中標(biāo)準(zhǔn)細(xì)胞STR位點信息。數(shù)據(jù)庫中常規(guī)提供9個位點信息，即 Amelogenin, CSF1PO, D13S317, D16S539, D5S818, D7S820, THO1, TPOX, vWA。
▲圖2 STR基因分型結(jié)果
在報告中會給出受檢細(xì)胞系的STR檢測結(jié)果峰圖（圖3），該峰圖是實際PCR擴(kuò)增后檢測到的片段長度和分型信息。位點信息與表1（圖2）相同。
▲圖4 STR 短串聯(lián)重復(fù)序列
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* 純合子：Homozygote，指同源染色體在同一基因位點上的兩個等位基因相同。即顯示單個峰。 * 雜合子：Heterozygote，指同源染色體在同一基因位點上的兩個等位基因不相同。即顯示2個峰。
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▲圖6 多等位基因峰圖
根據(jù)鑒定得到的細(xì)胞STR位點信息在ATCC、DSMZ等數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行比對，進(jìn)入ATCC STR數(shù)據(jù)庫頁面（https://www.atcc.org/en/STR_Database.aspx ）輸入檢測細(xì)胞的9個STR位點信息，與ATCC數(shù)據(jù)庫進(jìn)行對比。
輸入信息后給出比對結(jié)果（圖8）
▲圖8 ATCC數(shù)據(jù)庫比對結(jié)果
同樣在DMSZ數(shù)據(jù)庫進(jìn)行數(shù)據(jù)比對，得到匹配結(jié)果。
▲圖9 DSMZ數(shù)據(jù)庫比對結(jié)果
比對結(jié)果中"%Match"（ATCC, 圖8）及 "EV" （DSMZ, 圖9）列是受檢細(xì)胞的9個STR位點基因分型數(shù)據(jù)與數(shù)據(jù)庫中細(xì)胞的匹配度。
人源細(xì)胞STR鑒定結(jié)果判定標(biāo)準(zhǔn)：
受檢細(xì)胞STR位點的基因分型數(shù)據(jù)與其對應(yīng)的標(biāo)準(zhǔn)細(xì)胞系（其原始組織或衍生細(xì)胞系）STR基因分型數(shù)據(jù)進(jìn)行比對：
1）若兩者的匹配度≥80%，則判定受檢細(xì)胞系為標(biāo)準(zhǔn)細(xì)胞系或為標(biāo)準(zhǔn)細(xì)胞系的衍生細(xì)胞系。
2）若兩者的匹配度在56%-80%之間，建議結(jié)合細(xì)胞系形態(tài)、細(xì)胞系特異性標(biāo)記物等輔助分析進(jìn)行綜合判斷。
3）若兩者的匹配度≤56%，則判定受檢細(xì)胞樣本與其對應(yīng)的標(biāo)準(zhǔn)細(xì)胞系不相關(guān)。
參考文獻(xiàn)：
1. American Type Culture Collection Standards Development Organization Workgroup,A.S.N., Cell line misidentification: the beginning of the end. Nat Rev Cancer, 2010. 10(6):p. 441-8.
2. Reid Y, Storts D, Riss T, Minor L. Authentication of Human Cell Lines by STR DNA Profiling Analysis. Assay Guidance Manual [Internet]. Bethesda (MD): Eli Lilly & Company and the National Center for Advancing Translational Sciences; 2004-.2013 May 1. （https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK144066/）
