Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整個細胞核為研究對象，利用高通量測序技術，結(jié)合生物信息分析方法，研究全基因組范圍內(nèi)整個染色質(zhì)DNA在空間位置上的關系，獲得高分辨率的染色質(zhì)調(diào)控元件相互作用圖譜。Hi-C可以與RNA-Seq、ChIP-Seq等數(shù)據(jù)進行聯(lián)合分析，從基因調(diào)控網(wǎng)絡和表觀遺傳網(wǎng)絡來闡述生物體性狀形成的相關機制。

 
圖1. 染色體三維結(jié)構(gòu)圖

一、技術優(yōu)勢
1、無需專門構(gòu)建群體，單個樣本實現(xiàn)輔助基因組組裝；
2、精確率高，人類基因組錨定染色體精確率為98%，排序和定；
3、周期短，性價比高。

二、技術流程
1、用甲醛對細胞進行固定，使DNA與蛋白，蛋白與蛋白之間進行交聯(lián)；
2、進行酶切（如Hind III等限制性內(nèi)切酶），使交聯(lián)兩側(cè)產(chǎn)生粘性末端；
3、末端修復，引入生物素標記，連接；
4、解交聯(lián)，使DNA和蛋白、蛋白和蛋白分開，提取DNA，打斷，捕獲帶有生物素標記片段，進行建庫；
5、測序。

 
圖2. Hi-C實驗流程

三、生物信息學分析流程
 

四、輔助基因組組裝流程圖
 

五、應用領域
1．染色體跨度的單倍型圖譜構(gòu)建
為疾病風險預測提供思路
為腫瘤形成機制提供依據(jù)
為農(nóng)業(yè)動植物經(jīng)濟性狀連鎖標記及基因組進化奠定基礎

2．探索基因組的3D結(jié)構(gòu)
有助于了解基因組折疊對基因表達的影響
有助于了解基因組三維結(jié)構(gòu)對細胞發(fā)育，分化及細胞命運的決定

3．開發(fā)調(diào)控基因的DNA元件
揭示基因組遠程調(diào)控元件介導的分子網(wǎng)絡
通過分析調(diào)控元件空間互作熱點，開發(fā)潛在的藥物作用靶點

4．Hi-C輔助基因組組裝
輔助動植物基因組組裝
宏基因組組裝及菌群精確分類

六 、送樣要求
1、細胞交聯(lián)
2.5×106細胞量滿足一個標準Hi-C文庫，建議培養(yǎng)5×107至1×108，保證實驗可重復性

2、組織DNA
提供組織DNA量為15-20ug

3、運輸方式
足量干冰運輸