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DNA靶向測序panel——7個你不可不知的問答

瀏覽次數:12507 發布日期:2016-5-4  來源:本站 僅供參考,謝絕轉載,否則責任自負

在之前舉辦的NGS系列講座中,我們邀請專家為您介紹了從樣本制備到數據解讀報告的全面NGS技術應用。講座收到了眾多反饋與咨詢,在此我們總結出最受關注的7大問題,與您分享。

QIAGEN的靶向基因擴增試劑盒能用在哪些NGS平臺?

GeneRead DNAseq Targeted Panels V2適用于Illumina®和Ion Torrent®測序儀。靶向富集后,您可依據所用的測序平臺,使用QIAseq 1-Step Amplicon Library Kit(用于Illumina測序儀)或GeneRead DNA Library Core L Kit(用于Ion Torrent測序儀)進行測序文庫制備。

采用DNA靶向技術進行液體活檢cfDNA測序時,最小測序深度建議是多少?

對于體細胞突變的位點的鑒定,我們建議測序深度為1500x。

PCR富集方法和捕獲富集法二者有何不同?我應該用哪種方法?

芯片或雜交捕獲法適用于測序靶標較長的情況。PCR富集方法則適用于目標長度在1 Mb左右的靶標富集。因此您需要依據研究需求選擇富集方法。PCR法特異性更高、均一性更好、可重復性更強。

 

PCR富集法

雜交富集法

特異性

93%

80%

均一性

80%

61%

可重復性

100%

95%

QIAGEN的富集方法能夠檢測哪些類型的變異?

您可檢測點突變、插入/缺失突變和拷貝數變化。

我可以只為需要研究的位點定制panel嗎?

是的,您可使用GeneRead DNAseq Custom Builder定制您實驗所需的多重PCR靶向富集panel。

我從液體活檢樣本中能獲得多少DNA?

從1 ml的血漿中能獲得約1–50ng的游離循環DNA。樣本類型(如腫瘤樣本或非腫瘤樣本)、樣本采集過程、儲存和處理的方法對于產量都會產生影響。

擴增子通常會覆蓋基因所有的外顯子區域嗎,還是僅覆蓋需要研究的熱點區域?

兩種情況都可以。多數panel覆蓋靶基因的所有外顯子區域,而human tumor actionable mutation panel僅覆蓋需要研究的相關熱點區域。

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發布者:凱杰企業管理(上海)有限公司
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E-mail:joyce.pan@qiagen.com

標簽: 靶向測序 panel
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