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2017國際植物表型網絡(IPPN)年度報告

瀏覽次數：1336　發布日期：2018-1-3　來源：谷豐光電

國際植物表型網絡（IPPN）近期發布的2017年度報告，現對其進行翻譯整理與廣大植物表型專家學者分享。

摘要

IPPN旨在促進全球范圍內重要植物表型鑒定中心之間的討論交流，并與來自學術界和工業界的表型科學家，用戶和技術開發者進行討論。主要活動包括：

組織第四屆國際植物表型研討會。 IPPN近年來組織了國際植物表型研討會（Canberra 2009，Jülich2011，Chennai 2014，CIMMYT 2016）。最后一次研討會CIMMYT 2016 IPPN成立之后的第一個非盈利性組織研討會（2015年12月）。
擴展會員資格。自此，IPPN e.V.已經成為整合植物表型活動的重要核心，從2015年11月成立以來，從17個增加到30個機構成員。
建立和運行專題工作組。主要議題由成立工作組的委員會成員確定。目前有五個工作組正在開展相關科研與業務活動，另有兩個正在籌備中。
表型延伸傳播活動。IPPN網站正在成為植物表型群落的重要信息平臺，例如，擁有表型設施的數據庫現在涵蓋了超過70個全球表型設備。為了進一步傳播和促進植物表型活動，IPPN現有一個Twitter賬號和一個YouTube頻道，可以觀看2016年CIMMYT主辦的第四屆IPPS演講，以及2015年巴塞羅那研討會的演講。彌補了未參會而又想了解前沿表型組動態小伙伴們的遺憾。
擴展IPPN會員。目前，IPPN正致力于擴大其會員資格，并修改現行法規，下一步能夠促進工業界代表進入表型行業學術圈交流。

Ⅰ. 2017 IPPN主要活動

1.1國際植物表型研討會（IPPS）和表型會議

1.1.1基于第四屆IPPS的特刊

參與組織第四屆IPPS的IPPN同事與Matthew Reynolds共同擔任總編，組織一期在《crop science》上的特刊。

下一步： Matthew Reynolds正在與撰寫雜志評論。

1.1.2“IPPN象征樹”

IPPN辦公室正協調在國際植物形態學研討會（堪培拉，Julich,Chennai,El Batan）的不同地點種植栽培樹木，并建立一個network。

1.1.3會議精簡和協調

為了精簡會議，盡量減少重疊的國際表型會議，IPPN辦公室聯系了其他會議組織者(包括Lemnatec, Phenospex, PSI, ASPB, CPPN, LatPPN等)，將重點放在植物表型技術本身上，并與他們討論如何協調會議。許多組織都表示有興趣與IPPN合作以減少潛在的會議沖突。Lemnatec已經停止組織Phenodays，他們有興趣與IPPN聯手舉行未來的國際表型會議。

1.1.4阿德萊德第五屆表型組國際會議

IPPN在阿德萊德大學的同事和APPF正在就準備于2018年10月在阿德萊德舉辦的第五屆IPPS與IPPN工作組合作。

1.2會員

1.2.1新成員

在大會正式批準之前，IPPN歡迎新成員的加入：

德國弗勞恩霍夫研究所The FraunhoferInstitute
Noble Research Institute
以色列：希伯來大學，特拉維夫大學和魏茨曼科學研究所
日本：Kazusa DNA研究所和東京大學

下一步：IPPN成員和IPPN辦公室應進行互動，以進一步增加成員數量 - 特別是在目前沒有IPPN成員的國家。根據上次IPPN委員會的建議，IPPN提出如何支持發展中國家的成員資格的建議。

1.2.2行業互動和會員選擇

大會授權IPPN執行委員會開始與工業界討論IPPN內潛在的相互作用。CIMMY的IPPN研討會期間，在Jülich主導的表型研討會上，組織了兩次面對面的會議。此外，與IPPN理事會確定的行業成員進行了一些視頻會議討論。目前，多個工業界成員提供了加入IPPN的意向書。在討論的基礎上，IPPN起草了一個新版本的章程，修改成包括工業界成員。

1.3支持5個工作小組

IPPN辦公室支持他們組織部分會議（例如公告等），跟蹤活動并要求工作組的業務計劃。目前，每個工作組根據其提供的商業計劃獲得每年高達5000歐元的支持，該計劃經IPPN董事會批準。

為早期職業科學家提供旅行補助；

IPPN委員會決定支持早期的職業科學家提供差旅補助金，參加CIMMYT的第四屆IPPS，授予:

Konstantinos N. Blazakis博士，希臘干尼亞地中海農藝研究所
Sruti Das Choudhury博士，美國內布拉斯加州大學
Tove Sundgren女士，挪威生命科學大學

此外，在工作組活動的框架內，還支持進一步的早期職業科學家參加第4屆IPPS的根衛星會議:

Saoirse Tracy博士，愛爾蘭都柏林大學
Christian Kuppe，德國ForschungszentrumJülich
Alexander Bucksch，美國佐治亞州大學

最后，在密蘇里州的IPG根生物學會議的與會者得到了根工作組框架的支持:

Shirley Nichols博士，新西蘭AgResearch
Mina Rostamza博士，普渡大學
Hannah Schneider女士，賓夕法尼亞州立大學

下一步：繼續開展這項活動，增加年輕研究人員參與IPPN研討會的工作。

1.4通訊

1.4.1網站更新

IPPN網站進一步擴展:

IPPN網站上的活動和新聞頁面已經建立。所有IPPN成員都可以將新聞和活動發送到IPPN辦公室，并與整個世界分享。
平臺數據庫包含來自全球各地的70多個表型平臺詳細說明；數據庫的功能正在重新配置，以便成員可以編輯自己的平臺列表。
網站添加并包括IPPN內部可下載文件。
可用于支持WG活動的會議組織。
專家數據庫即將完成，以使IPPN成員能夠描述其最新進展和概況。

1.4.2社交媒體和互聯網

為了更廣泛的傳播IPPN的信息并分享同事的活動，我們建立了一個Twitter帳戶。

為了分享在IPPN活動上的談話，我們建立了自己的YouTube頻道。您可以在頻道上找到座談會和研討會的談話。

Twitter: https://twitter.com/IPPN

YouTube: https://www.youtube.com/channel/UC7uUa8CGxCuGCgT4YVUffwQ

Ⅱ. 2018年IPPN辦公室活動計劃

在2018年，如果我們把IPPN擴大到工業界，我們將迎來大約15名新成員。這些新成員中的大多數來自于工業界，更多來自學術界，主要來自我們已經討論過的單位。

IPPN辦公室提出：

成立新的工作小組：我們預計將啟動新的工作組，并且現有的工作組將開展工作，以便于2018年開展大約八到十個專門工作組活動，并得到IPPN的支持。
開展培訓活動。IPPN還將專門與工作組密切配合，促進培訓活動的發展。這些活動應針對引進和招聘更多的年輕研究人員進行植物表型鑒定，確定培訓需求，并發現如何滿足日益增長的表型需求。
繼續支持早期的職業科學家。與前一年一樣，但由于預期會員人數增加，IPPN將進一步支持早期職業科學家提供差旅補助金，以便可以在IPPN活動上展示他們的工作，例如計劃2018年在阿德萊德舉辦的研討會和其他工作小組會議。
鼓勵與工業界的聯系。為了充分利用預期工業界成員的加入，IPPN還將致力于探討專門為鼓勵和支持產學研交流的研討會的機會。
提高新興國家的成員資格。來自發展中國家的成員數量較低，IPPN也希望確定和開展吸引包括發展中國家成員的活動，以擴大植物表型國際影響力。
進一步發展溝通。IPPN還將通過專門的通訊促進網站之外的溝通，收集和共享整個表型學術界的信息。

Ⅲ. 工作組

3.1低成本表型技術研究小組

目標：本工作組側重于低成本和便捷的表型技術，以加強傳播現代表型的概念和方法。應該解決更廣泛的植物科學和繁殖群體直接獲取和使用現代表型裝置和概念的需求，以滿足表型技術多樣化需求。

活動：工作組于5月15日至17日舉行了第一次研討會，該研討會吸引了來自世界各地的40多名與會者。研討會側重于低成本的表型分析方法，并且還有表型儀器實際操作的示范。工業界也有很好的代表，這可能為IPPN拓展未來的會員基礎鋪平道路。會議報告已經發布在網站上。

2018年計劃：

主要活動將于2018年在阿德萊德召開的IPPN研討會上組織研討會。將提出講習班的概念，并須經理事會核準。
計劃在2018年繼續并完成一份涵蓋低成本方法的新興需求和示例應用的手稿。這將是明年工作組的具體成果。

3.2表型影像工作組

目標：工作小組的目的是通過為開發者和用戶提供一個討論新出現的挑戰、方法、技術和應用的論壇，來推進基于圖像的植物表型的方法研究。通過設立這個工作組，國際社會將有一個在項目之外進行互動的平臺。

活動：

?)成像工作組正在運行一系列有關主題的在線網絡研討會。這些網絡研討會旨在增加網絡和信息共享。會員可以觀看國際專家的現場對話，提問，并通過音頻和文本聊天工具討論問題。

在線研討會加入地址: http://join.me/plant-phenotyping

網絡研討會錄音網站 (https://www.plant-phenotyping.org/Imaging-Workgroup-Webinars):

6月份，影像工作組舉辦了首個網絡研討會。PouriaSadeghi-Tehran的演講“Field Scanalyzer：現代高通量現場表型自動化機器人系統”，為研討會的參與者介紹了自動化現場表型分析設備Field Scanalyzer。
影像工作組在8月份舉行了第二次在線研討會。計算機視覺實驗室的成員、諾丁漢大學計算機科學學院的助理教授Michael Pound解釋了CNNs的背景，他們與傳統的機器學習有何不同，是什么使他們如此強大。Michael講述了他們是如何在實踐中訓練和使用的，以及這對植物表現型的特殊意義。

影像工作組計劃在未來舉辦更多的網絡研討會，以涵蓋相關主題，旨在發揮指導作用，增加網絡和信息共享。

?)2017年10月，成像工作組在ICCV上舉行CVPPP研討會。ICCV是全球范圍內最有聲望的國際計算機視覺會議。今年在意大利的威尼斯舉辦。影像工作組獲得了從Lemantec和Phenospex的贊助，以支持受邀演講者的旅費。

?）成像工作小組也于7月份在瓦赫寧根開設了暑期學校。因為暑期學校的重點是對植物的表型做一個概述，觀眾是新來的科學家和學生。

?）成像工作組活躍于網絡。要了解更多有關他們的活動，請訪問以下鏈接，這些鏈接可在他們的主頁上訪問(https://www.plant-phenotyping.org/ippn_wg_imaging):

網絡研討會：https://www.plant-phenotyping.org/Imaging-Workgroup-Webinars

博客：https://plant-phenotyping.tumblr.com/Twitter

推特：https://twitter.com/IPPNImagingWG

2018年計劃

研討會

日期待定：IAMPS @ Nottingham。目標觀眾：注重實踐的植物生物學家

網絡研討會

下一次研討會正在籌備中，日期待定。
在提供離線版本之前，需澄清法律限制。

3.3根系表型工作組

目的：工作組旨在成為一個論壇，以確定根表型的科學和技術界限，促進根表型，加快應用于全球農業和環境挑戰。

活動：為了支持早期職業科學家，根表型工作組再次向在美國密蘇里州參加IPG根生物學會議的三名受助者提供旅行補助（https://www.plant-phenotyping.org/travel_grant_Root_Biology_Meeting）。三名接收人是：

Shirley Nichols博士，新西蘭AgResearch
Mina Rostamza博士，普渡大學
Hannah Schneider女士，賓夕法尼亞州立大學

三名接受人在會議上出示了一張密蘇里州的海報。

該組織歡迎諾布爾研究所的Larry York作為新的委員會成員。

2018年計劃

面對面會議：

為了保持與相關國際科學會議的聯系，工作組將于2018年7月8日在ISRR國際基礎研究學會第十次會議上組織一次會議。欲了解更多信息，請訪問：http：//www.rootresearch.org/

田間根表型培訓研討會

加上2018年澳大利亞阿德萊德，工作組將在第5次的IPPS上舉辦衛星會議。

2019年計劃

根表型研討會

美國阿德摩爾的諾貝爾研究院將于2019年3月至6月舉辦一場研討會。研討會將包括發言人和實踐練習。基本根表型將包括“藍皮書”方法，根瘤菌，根冠表型，土壤取心，洗滌，掃描等。我們將嘗試解決從實驗室到現場，從實惠到昂貴的方法。試著從開始到結束都要從頭開始。包括一些圖像分析和統計分析。

白皮書

工作組正在研究一份白皮書:“如何將數據管理的公平原則付諸實踐?”將傳達給資助機構、全球研究機構(如CGIAR)和其他利益相關者。

3.4種子表型工作組（SPWG）

目的：SPWG應以加強種子表型創新為首要目標，切實加快具體目標的進展。具體目標包括：

1）為IPPN會議提供建設性的意見，并闡述利用新技術發展種子庫和創新農業的好處；

2）在表型數據方面促進種子庫的數據共享和交換，互用性，數據使用，數據分析和最佳實踐；

3）通過合作、倡導、研究、開發和實施多學科的資源和機會，建立一個植物表型支柱模型。

活動：于2017年9月在德國舉辦的“圓桌討論：種子與種質表型”，在種子庫和表型技術社區中建立起動力和興趣，并與DivSeek GG：基因庫表型進行合作。

2018年計劃

通過各成員和部門的專業發展，建立種子庫的表型能力。

第二屆亞太植物表型會議（2018年3月，南京舉辦）

2019年計劃

繼續發展戰略聯盟和伙伴關系，通過聯合研究和出版物來促進種子表型分類，并實現技術進步的更大影響力。

3.5國際受控環境植物表型組（I_CEPPG）

目的：I_CEPPG專注于評估在明確的實驗條件下模擬各種現在和未來氣候情景的植物性能特征，并旨在將研究人員聚集在一起，模擬不同受控環境中運行植物表型平臺，研究人員包括植物遺傳學家，（生態）生理學家，發育生物學家，農藝學家，氣候研究員，土壤學家，生物信息學家和生物學家，以及與植物發育、生理過程和氣候情景建模相關的其他相關領域的科學家，傳感技術開發者使用設施或貢獻的概念,技術和方法開發。

活動：計劃于2018年開展新活動。

2018年及以后的計劃：

I_CEPPG將為I_CEPPG成員和相關團體在受控環境設施現場組織一系列的現場座談會：第一屆I_CEPPG座談會將于2018年秋季在I_CEPPG的IPK會議成員間舉行，同時從已成立的工作組如NCERA-101，NCR-101，UKCEUG，GCEUG等邀請嘉賓發言，旨在與植物栽培大廳中新型表型平臺的開幕共同舉辦。
隨后將會在其他的受控環境設施現場進行一系列的現場講習班，包括操作演示和為與會者提供經驗/培訓(在適當的情況下)。
I_CEPPG將進行衛星會議活動（例如國際植物表型研討會，國際植物學大會，PAG會議，植物生物學國際會議，EPSO / FESPB會議，ASPB會議，氣候變化/農業會議，EUCARPIA會議等），讓更多的植物表型和植物生物學社區關注I_CEPPG及其活動，并使I_CEPPG接觸到更多的社區。
I_CEPPG將撰寫并出版（在2019年）一份白皮書，作為IPK最初現場研討會的后續工作，介紹受控環境植物表型分類平臺和程序的當前概念和用途（包括現有計劃的概況、設施和能力）以及進一步發展的選擇和要求。本文的執行摘要以及有關I_CEPPG信息的傳單以及I_CEPPG活動（研討會）的公告將通過在國際會議上分發的方式向投資機構和研究機構提供信息。