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naica️®微滴芯片數字PCR系統在RNA質量評估的應用

瀏覽次數:1573 發布日期:2022-3-10  來源:本站 僅供參考,謝絕轉載,否則責任自負

國家CDC在Diagnostic Microbiology and Infectious Disease發表了一篇文章,文中使用naica®微滴芯片數字PCR系統檢測了不同時間段臨床流感樣本的病毒載量,來評估RNA完整性和樣本采集質量及對監測系統中流感診斷的影響。.

應用亮點:

 使用naica®微滴芯片數字PCR系統完成RNase P(RNP)RNA和流感基因的檢測。

  低病毒載量的流感樣品(<10 拷貝/μl),在采集八天后依舊可以被naica®微滴芯片數字PCR系統檢測到,高低病毒載量的流感樣品之間存在明顯不一致的降解速率。

 檢測作為樣本采集質量的關鍵指標RNase P(RNP)RNA,對于流感的預防和控制至關重要。

流感監測對于流感的預防和控制至關重要。然而醫院一般只進行流感抗原快速檢測,核酸鑒定卻在網絡實驗室進行。由于流感病毒作為一種RNA病毒,不如DNA病毒穩定。因此診斷目標區域的RNA穩定性和完整性是實驗室檢測的主要挑戰,并且人們對冷藏臨床標本中流感核酸的穩定性也知之甚少。本文采用先進的核酸定量技術--naica®微滴芯片數字PCR系統、用于對臨床樣本的RNA完整性進行系統評價,探索流感監測標本質量控制和評價的科學方法。

通過實時RT-PCR檢測的所有甲型或H1型流感陽性樣本用數字RT-dPCR檢測也呈陽性。圖1清楚地顯示了RNA隨時間的降解。在甲型流感和H1流感測試中,RNA降解隨著時間的推移不斷擴大。在所有四個時間點通過數字RT-dPCR共檢測了91個甲型流感病毒陽性樣本的RNA含量和72個H1陽性樣品的RNA含量,發現低病毒載量樣本RNA降解比高病毒載量更顯著且速度更快。在低病毒載量甲型流感樣本測試中,第4組RNA降解率為75%至100%共有8個,其中有5個樣本的RNA降解為檢測不到(圖1C)。在H1測試中,在第4組中75%至100%的RNA降解有9個低病毒載量樣本,其中7個樣本的RNA降解為檢測不到(圖1D)。

▲圖1.陽性樣本的RNA隨時間降解。(A)甲型流感陽性樣本的RNA降解。(B) H1陽性樣本的RNA降解。(C)低病毒載量甲型流感樣本的RNA降解。(D)低病毒載量H1樣本的RNA降解。(E)高病毒載量甲型流感樣本的RNA降解。(F)高病毒載量 H1 樣本的RNA降解。RNA降解=(第1組RNA含量-第n組RNA含量)/第1組RNA含量*100%。Y軸代表樣本數。藍色條表示0-25%之間的 RNA 降解,橙色條表示 25%-50%之間的RNA降解,灰色條表示50%-75%之間的RNA降解,黃色條表示 75%-100%之間的RNA降解。

在研究中使用第1組RNP和流感RNA濃度參數比較樣本采集質量。RNP值是樣本采集質量的關鍵指標。樣品質量采用 A-D 等級進行評估。圖2表明,樣本采集質量存在明顯變化。圖3比較了四家醫院的樣本質量。在甲型流感檢測中,從M醫院采集的樣本質量最好,N、L、P醫院采集的樣本質量次之;在H1測試中,醫院N采集的樣本質量最好(圖3)。

▲圖2:樣本采集質量評估。(A)使用甲型流感和RNP參數評估樣本采集質量。(B)使用H1和RNP參數評估樣本采集質量。X軸代表流感A M基因(A)或H1 HA基因(B)的Log10 RNA濃度。Y軸代表RNP的Log10 RNA濃度。一個點代表一個樣品的結果。紅點代表M醫院樣本,黃點代表L醫院樣本,綠點代表N醫院樣本,藍點代表P醫院樣本。樣本質量分為A、B、C、D四個等級。

▲圖3:不同醫院樣本采集質量的比較。(A)不同醫院甲型流感陽性樣本采集質量的比較。(B)不同醫院H1陽性樣本采集質量比較。藍條代表A級樣本,綠條代表B級樣本,紅色條代表C級樣本,黃色條代表D級樣本。

使用naica®微滴芯片數字PCR系統檢測流感樣本的病毒載量,研究RNA完整性和樣本采集質量,提醒我們,應定期開展樣本質量評估,以發現和改進醫院樣本采集中存在的問題。

發布者:艾普拜生物科技(蘇州)有限公司
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