凝膠成像儀主要是由CCD成像系統和圖像分析系統兩個部分所組成，所以關于儀器的操作其實還是比較簡單的，這里做一下簡要的說明：

一、啟動電腦，打開凝膠成像分析軟件，進入軟件系統界面。

二、圖像采集與傳輸。
打開凝膠成像儀的CCD成像系統的電源開關，做好防護措施，在暗箱中放入需要電泳的凝膠， 打開紫外光電源開關（根據實驗要求選擇對應的波長范圍），通過數據傳輸線連接圖像采集器和采集卡  ，再即進入電腦的凝膠成像分析軟件菜單界面，選擇 “文件”---“圖像采集”開始采集圖像，采集圖像過程中可以調節CCD的焦距、圖像清晰度，還可以根據需要隨時保存圖片，大多數的凝膠成像儀還具有對圖像的裁切、旋轉、濾效、對比度調節等簡單的編輯操作。

三、圖像處理與分析
進入“功能”菜單-----“凝膠電泳”----“圖像分析”----“條帶分析”進行條帶編號選擇比對。進行圖像分析時為防止電泳實驗過程中的有害污染，可以脫去手套在電腦上進行操作，回到暗箱接觸樣品時，需要重新做好防護。

四、作業完成后需要關閉凝膠成像儀的成像系統開關后，再取出凝膠進行清洗操作。