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樣本收集手冊之植物類樣本的收集方法及注意事項

瀏覽次數(shù):3162 發(fā)布日期:2021-4-19  來源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責任自負
各位老師、同學,大家好。今天將要分享的是我們樣本收集手冊的第五彈——植物類代謝組學樣本收集參考步驟。本次,我們將詳細介紹植物類樣本(葉片、莖、花、根、果實、種子)的收樣方法及注意事項。做植物代謝方向的老師可千萬不要錯過。話不多說,我們干貨奉上。
 



1.葉片、莖、花

 

  • 樣品量要求:

GC-MS,LC-MS 實驗:200mg/sample。

頂空 GC-MS 實驗:2g/sample。

 

  • 樣本收集步驟:

取整片葉片/一段莖/一朵花,用錫箔紙包裹并標記后,迅速放入液氮中冷凍處理至少 15min。取出后迅速放入自封袋中(每組一袋),在自封袋中放入標簽紙注明樣本信息。迅速放入-80℃冰箱凍存。足量干冰寄送。

 

  • 注意事項:

1. 采集葉片樣本時,最好在中午光照好的時間收集。

2. 要根據(jù)實驗設計,采集樣本時保持樣本一致性,尤其是同一組樣本(顏色、衰老程度、葉脈占比、光照、位置等)。

3. 由于錫箔紙上 marker 筆標記容易模糊,所以需要在自封袋中放入標簽紙注明。

 

2.根

 

  • 樣品量要求:

GC-MS,LC-MS 實驗:500mg/sample。

頂空 GC-MS 實驗:3g/sample。

 

  • 樣本收集步驟:

1. 取整株植物的根部,迅速用 1×PBS 漂洗掉根上的泥土。

2. 根據(jù)具體實驗設計取植株根特定的部位,500 mg/sample 裝入離心管中。

3. 標號后迅速放入液氮中冷凍處理至少 15min。

4. -80 度凍存;足量干冰寄送。

 

  • 注意事項:

1. PBS 漂洗時間要盡快。

2. 由于根部組織特別脆弱,被擠壓后會變成漿糊狀,所以推薦保存至離心管中,而不是錫箔紙包裹。

 

3.果實、種子

 

  • 樣品量要求:

GC-MS,LC-MS 實驗:200~500mg/sample。

頂空 GC-MS 實驗:3g/sample。

 

  • 樣本收集步驟:

1. 對于含多汁、塊頭較大的果實(番茄、西瓜、蘋果等)需要先用鋒利的刀分割成“均勻”合適的小塊(≈200 mg/sample)分裝至 2mL 離心管中,標號后迅速放入液氮中冷凍處理至少 15min。

 

2. 對于細小的顆粒種子(擬南芥種子、谷物種子等),可以先將同一組的植株種子混勻后再分裝(≈200 mg/sample)至 1.5mL 離心管中。標號后迅速放入液氮中冷凍處理至少 15min。

 

3. 對于要求對整個果實進行提取的(整粒葡萄等),需要把果實裝在 50mL 離心管中/自封袋中,標號后(同時放入自封袋中標簽紙,注明樣本信息)迅速放入液氮中冷凍處理至少 15min。

 

  • 注意事項:

對多汁的果實進行取樣很難保持均一性(如番茄,皮、果肉、果瓤、籽的占比), 強烈建議將整個果實進行研磨、凍干,對粉末進行稱重分裝。
 


 

收集方法參考文獻:

[1] De Vos R C, Moco S, Lommen A, et al. Untargeted large-scale plant metabolomics using liquid chromatography coupled to mass spectrometry.[J]. Nature Protocols, 2007, 2(4):778-791.

[2] Kim H K, Choi Y H, Verpoorte R. NMR-based metabolomic analysis of plants[J].Nature Protocols, 2010, 5(3):536-49.

 

最后附上我司協(xié)助客戶發(fā)表的植物樣本部分文獻,以便各位老師、同學在設計課題、文章撰寫等環(huán)節(jié)可參閱和引用。
 

1. 南京農(nóng)業(yè)大學:Yuan J, Zhao J, Wen T,et al.Root exudates drive the soil-borne legacy of aboveground pathogen infection. Microbiome 2018 Sep 12;6(1). IF=9.133

 

2. 天津科技大學:Yuqian Liu, Jinguang Liu, Rui Wang, et al. Analysis of secondary metabolites induced by yellowing process for understanding rice yellowing mechanism. Food Chemistry 2020 September 23. IF=6.306

 

3. 河北師范大學:Lulu Kong, Jingze Liu, Qian Han, Qixing Zhou, Junliang He. Integrating metabolomics and physiological analysis to investigate the toxicological mechanisms of sewage sludge-derived biochars to wheat.Ecotoxicology and Environmental Safety 185 (2019) 109664. IF= 4.527


 
發(fā)布者:上海百趣生物醫(yī)學科技有限公司
聯(lián)系電話:021-61531195
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