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代謝組學兩種常見圖形制作分享

瀏覽次數:902 發布日期:2021-4-2  來源:本站 僅供參考,謝絕轉載,否則責任自負
1.韋恩圖制作
 
分析網站鏈接:http://jvenn.toulouse.inra.fr/app/example.html

首先,進行網站,導入下圖箭頭所指相關案例數據。
上圖箭頭所指均可自由編輯哦,這里顯示輸入了6組不同數據集(網站目前上限數據集為6組哦~)。友情提醒,如果是代謝組學數據,那一般只需導入代謝物質名稱或編號就可以啦。
韋恩分析結果展示如上圖(左),如需調出右圖中的單組對應信息內容,則鼠標左鍵點擊選中相應數字即可,你說方不方便~
當然,如果只要三組數據集的韋恩圖展示,那么,我們只需輸入三個對應的list數據集就可以啦~,這不香嘛~
接下來,還可對圖形進一步調整展示。比如:圖形展現形式、圖形字體類型、大小等,根據需求靈活調整就可以了。

最后,調試好分析出來的圖形和表格結果進行本地下載保存,可千萬別忘了哦~

Tips:如果需要展示的數據集超過6組的話,咋辦?給大家推薦一個數據集合可視化神包—UpSetR,感興趣的小伙伴們可自行搜索查詢~


2.箱線圖制作

分析代碼包:ggplot2 & ggpubr

以iris數據集為例,首先在Rstudio里載入ggplot2和ggpubr兩個包(相關包安裝教程可參考:http://www.bioconductor.org/install/),同時查看下iris數據集的表頭信息,這里選取"Sepal.Length"作為關注變量來繪制不同組間箱線圖含量表達展示。
首先,繪制兩組間的箱線圖結果,如下圖:
如果需要在圖中顯示不同的樣本散點和橫縱坐標標題,則代碼添加如下:

有時需要在兩組間添加檢驗計算的p值,這里以T檢驗為例,則只需添加計算函數stat_compare_means(method = "t.test")

當然,如果要把T檢驗的方法調整成秩和檢驗,則
倘若需做三組(或三組以上)箱線圖展示,同時加上Kruskal-Wallis多組檢驗結果及post-hoc兩兩比較結果,則
最后,每組的分組顏色如果要自由定義設置,那么代碼調整如下:

如需代碼可以在文末或后臺留言:姓名+單位+手機+郵箱+代碼
如有其它問題也可在下方直接留言,看完覺得不錯記得點贊哦,也歡迎大家轉給需要的小伙伴們!
發布者:上海百趣生物醫學科技有限公司
聯系電話:021-61531195
E-mail:chengyichun@biotree.cn

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