單細(xì)胞檢測(cè)技術(shù)的發(fā)展為我們理解復(fù)雜生命體中細(xì)胞的組成與各自功能及變化過(guò)程提供了強(qiáng)有力的工具�；�于單細(xì)胞基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)，我們可以窺探發(fā)育過(guò)程中細(xì)胞內(nèi)的調(diào)控變化，發(fā)現(xiàn)腫瘤微環(huán)境中的各類(lèi)細(xì)胞及它們的細(xì)胞間交流，理解器官組織中復(fù)雜多樣的細(xì)胞類(lèi)型。現(xiàn)有單細(xì)胞研究是一個(gè)從整體到個(gè)體，再由個(gè)體特征重建整體的過(guò)程。在這個(gè)過(guò)程中，有一些非常有意思的問(wèn)題是我們希望通過(guò)單細(xì)胞數(shù)據(jù)加以理解的，比如，某個(gè)組織中，某類(lèi)細(xì)胞的發(fā)育生成過(guò)程；在不同條件下，細(xì)胞的改變過(guò)程和命運(yùn)等等。因此，我們需要通過(guò)特定的分析手段實(shí)現(xiàn)對(duì)數(shù)據(jù)的分類(lèi)和還原，并通過(guò)數(shù)據(jù)來(lái)勾畫(huà)出細(xì)胞間的變化過(guò)程。在這樣的背景下，擬時(shí)間序列分析（Pseudotime分析）為我們提供了來(lái)解決該問(wèn)題的工具。

擬時(shí)間序列分析（Pseudotime分析）的字面意思是通過(guò)構(gòu)建細(xì)胞間的變化軌跡來(lái)重塑細(xì)胞隨著時(shí)間的變化過(guò)程。從具體的分類(lèi)分析和復(fù)雜程度來(lái)說(shuō)，可以分為細(xì)胞軌跡分析和細(xì)胞譜系分析。
細(xì)胞軌跡分析指的是簡(jiǎn)單模型的細(xì)胞變化軌跡分析，通常指的是細(xì)胞沿著某個(gè)過(guò)程有特定化的變化終點(diǎn)，軌跡具有簡(jiǎn)單樹(shù)狀結(jié)構(gòu)，一端是“根”，另一端是“葉”；細(xì)胞譜系分析通常指的是某類(lèi)祖源細(xì)胞，在特定條件下，有多個(gè)發(fā)育軌跡和命運(yùn)，變化過(guò)程類(lèi)似復(fù)雜樹(shù)狀分支變化過(guò)程。因此，簡(jiǎn)單細(xì)胞軌跡分析和細(xì)胞譜系分析原理上類(lèi)似，復(fù)雜程度有所區(qū)別，當(dāng)然，基于此的分析手法和方式也會(huì)有所不同。

近期單細(xì)胞檢測(cè)技術(shù)的發(fā)展也激起了基于單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析技術(shù)的爆發(fā)。從現(xiàn)有發(fā)表研究來(lái)看，已有不同類(lèi)型的分析方法用于擬時(shí)間序列分析。我們對(duì)現(xiàn)有常用的分析策略整理如下圖：