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NGS基因文庫構(gòu)建大比拼:人機(jī)大戰(zhàn)

瀏覽次數(shù):6860 發(fā)布日期:2016-4-15  來源:伯齊科技
 

隨著測序技術(shù)的發(fā)展,科學(xué)界也開始越來越多地應(yīng)用測序技術(shù)來解決生物學(xué)問題。在過去的十年里,新一代測序技術(shù)—第二代測序(NGS)迅猛發(fā)展,越來越多測序?qū)嶒?yàn)室的采用NGS技術(shù)作為測序主要手段。而且NGS高通量的特點(diǎn),使之成為研究DNA和RNA的主要工具。

在NGS過程中,構(gòu)建基因文庫是整個(gè)測序進(jìn)程中第一個(gè)步驟,也是最為關(guān)鍵步驟,基因文庫的質(zhì)量直接影響后續(xù)的測序工作。雖然二代測序技術(shù)發(fā)展迅速,但是基因文庫的構(gòu)建仍然是一項(xiàng)十分耗費(fèi)時(shí)間以及重復(fù)性高的工作,需要熟練的科研技術(shù)人員在整個(gè)操作過程中保持需高度注意力,花費(fèi)5個(gè)小時(shí)甚至更多的時(shí)間才能完成建庫工作。

為了減輕測序工作人員負(fù)擔(dān),解放雙手,法國羅氏診斷公司與派瑪·迪格(PrimaDiag)公司宣布合作,開發(fā)了ACSIA NGSLibPrep自動(dòng)化移液工作站,為羅氏提供的建庫產(chǎn)品提供自動(dòng)化解決方案,將繁瑣冗長的建庫工作自動(dòng)化。

派瑪·迪格公司成立于法國,專注于科學(xué)和醫(yī)學(xué)生物領(lǐng)域,針對生物學(xué)特別是分子生物學(xué)領(lǐng)域的各種需要的自動(dòng)化操作工作,創(chuàng)新研制簡單但強(qiáng)大的自動(dòng)化平臺(tái)。

ACSIA NGSLibPrep全自動(dòng)建庫系統(tǒng)移液精準(zhǔn),重復(fù)性高,在建庫過程中避免了任何人為誤差,從而提高文庫的質(zhì)量。羅氏診斷公司提供建庫用的KAPA建庫試劑盒在這個(gè)平臺(tái)上能實(shí)現(xiàn)完全自動(dòng)化,不需要任何人工參與。所以使用ACSIA NGSLibPrep進(jìn)行建庫工作是一種非常經(jīng)濟(jì)合算的方法。Kapa Biosystems和羅氏NimbleGen的建庫操作步驟都在ACSIA NGSLibPrep自動(dòng)化平臺(tái)上進(jìn)行了步驟優(yōu)化,預(yù)設(shè)了運(yùn)行程序,因此,使用ACSIA NGSLibPrep自動(dòng)化平臺(tái)構(gòu)建基因文庫,只需要打開預(yù)設(shè)的方法,輸入樣本數(shù),點(diǎn)擊OK就可以了。人工完成建庫長達(dá)5小時(shí)的工作,用ACSIA平臺(tái)只需要人工操作15分鐘,其他的都由ACSIA平臺(tái)代替完成。

ACSIA NGSLibPrep平臺(tái)使用了派瑪.迪格公司的創(chuàng)新專利技術(shù)APIM(感應(yīng)磁化吸引技術(shù)),根據(jù)需求通電或斷電產(chǎn)生磁力去極化,無需轉(zhuǎn)移微孔板就可以對磁珠進(jìn)行吸引和釋放,實(shí)現(xiàn)磁珠零殘留。此外,ACSIA NGSLibPrep全自動(dòng)建庫系統(tǒng)上可以配置市場上供應(yīng)的任何類型的微孔板和深孔板。所有的液體參數(shù)經(jīng)過精心優(yōu)化,系統(tǒng)設(shè)有專利的SMT智能省槍頭系統(tǒng),可在沒有交叉污染的情況下重復(fù)使用槍頭。這使得建庫所使用的實(shí)際試劑消耗達(dá)到最小,而優(yōu)化的操作步驟也允許使用最少的槍頭數(shù)來完成整個(gè)建庫工作,大大節(jié)約試劑和耗材成本。在ACSIA NGSLibPrep平臺(tái)上構(gòu)建48個(gè)DNA文庫僅需要3盒槍頭,而人工操作使用的槍頭數(shù)會(huì)達(dá)到14盒之多;處理每個(gè)樣品平均使用的槍頭數(shù)從人工完成所需要的28個(gè)降到了6個(gè),大大節(jié)省了槍頭成本。比較ACSIA和人工建立的文庫質(zhì)量,使用ACSIA處理樣本,得到的樣本濃度更加均一,變異系數(shù)小。(見圖1)

除了羅氏和Kapa Biosystems試劑,派瑪.廸格已先后跟多個(gè)NGS試劑廠家合作,并進(jìn)行優(yōu)化,包括Illumina、NEB、安捷倫等。所以,ACSIA NGSLibPrep全自動(dòng)建庫系統(tǒng)已內(nèi)置各試劑廠家的優(yōu)化實(shí)驗(yàn)程序,用戶只需在平臺(tái)上放好試劑,打開相對應(yīng)的試劑程序,需入樣本數(shù)量,系統(tǒng)便會(huì)全自動(dòng)地把工作完成。真正輕松進(jìn)行NGS實(shí)驗(yàn)!!

 
圖1展示的是用KAPA建庫試劑盒,使用ACSIA自動(dòng)化平臺(tái)和人工操作平行處理12個(gè)樣本,自動(dòng)化平臺(tái)建庫的到的樣本濃度范圍從22.93~27.83 ng/μL,變異系數(shù)是1.25,人工建庫的到的樣本濃度范圍是22.52 t~ 47.73 ng/μL,變異系數(shù)是8.29。
 
 
Figure 1: Variation of concentration between 12 samples prepared on ACSIA (blue) and manually (red)

 
待續(xù)...........NGS人機(jī)大戰(zhàn)(下集):NGS文庫捕獲大比拼
 
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