解析干燥也稱第二階段干燥。在第一階段干燥結(jié)束后，產(chǎn)品內(nèi)還存在10%左右的水分吸附在干燥物質(zhì)的毛細(xì)管壁和極性基團(tuán)上，這一部分的水是未被凍結(jié)的。當(dāng)它們達(dá)到一定含量，就為微生物的生長繁殖和某些化學(xué)反應(yīng)提供了條件。實(shí)驗證明：即使是單分子層吸附以下的低含水量，也可以成為某些化合物的溶液，產(chǎn)生與水溶液相同的移動性和反應(yīng)性。因此為了改善產(chǎn)品的貯存穩(wěn)定性，延長其保存期，需要除去這些水分。這就是解析干燥的目的。 

由于這一部分水分是通過范德華力、氫鍵等弱分子力吸附在藥品上的結(jié)合水，因此要除去這部分水，需要克服分子間的力，需要更多的能量。此時可以把制品溫度加熱到其允許的最高溫度以下（產(chǎn)品的允許溫度視產(chǎn)品的品種而定，一般為25℃-40℃左右。病毒性產(chǎn)品為25℃，細(xì)菌性產(chǎn)品為30℃，血清、抗菌素等可高達(dá)40℃），維持一定的時間（由制品特點(diǎn)而定），使殘余水分含量達(dá)到預(yù)定值，整個凍干過程結(jié)束。

如果制品共晶點(diǎn)較高，系統(tǒng)的真空度也能保持良好，凝結(jié)器的制冷能力充裕，則也可采用一定的升溫速度，將擱板溫度升高至允許的最高溫度，直至凍干結(jié)束，但也需保證制品在大量升華時的溫度不得超過共晶點(diǎn)。

在解析干燥階段由于產(chǎn)品內(nèi)逸出水份的減少，冷凝器溫度的下降又引起系統(tǒng)內(nèi)水蒸氣壓力的下降，這樣往往使凍干箱的總壓力下降到低于10Pa，這就使凍干箱內(nèi)對流的熱傳遞幾乎消失。為了改進(jìn)凍干箱傳熱，使產(chǎn)品溫度較快地達(dá)到最高允許溫度，以縮短解析干燥階段時間，要對凍干箱內(nèi)的壓強(qiáng)進(jìn)行控制，控制的壓強(qiáng)范圍在15～30Pa之間。

產(chǎn)品溫度到達(dá)許可溫度之后，為了進(jìn)一步降低產(chǎn)品內(nèi)的殘余水份含量，需要恢復(fù)高真空度，同時，冷凝器由于負(fù)荷減少也達(dá)到了極限低溫，這樣凍干箱和冷凝器之間水蒸氣壓力差達(dá)到了最大值。這種狀況非常有利于產(chǎn)品內(nèi)殘余水份的逸出。

由于凍干藥品中的殘留水分對凍干生化藥品的影響很大，殘留水分過多，生化活性物質(zhì)容易失活，大大降低了穩(wěn)定性。控制凍干藥品中的殘留水分，關(guān)鍵在于第二階段再干燥的控制。在這一階段中，溫度要選擇能允許的最高溫度；真空度的控制盡可能提高，有利于殘留水分的逸出；持續(xù)的時間越長越好，一般過程需要4-6小時；對自動化程度較高的凍干機(jī)可采取壓力升高試驗對殘留水分進(jìn)行控制，保證凍干藥品的水分含量少于3%。