一、按來源可以分為

1.天然染色劑：主要是蘇木素，胭脂紅，地衣紅，番紅花。
2.合成染色劑：是從煤焦油中提取的苯衍生物。在生物染色中還使用一些無機(jī)化合物，如硝酸銀，氯化金，磺，鋨酸，高錳酸鉀等。

二、按主要用途分為

1.胞核染色劑：蘇木素，胭脂紅，甲苯胺藍(lán)，美藍(lán)，孔雀綠等。
2.胞漿染色劑：伊紅，淡綠，橘黃G,酸性品紅,苦味酸等。
3.脂質(zhì)染色劑：蘇丹Ⅲ，蘇丹Ⅳ，蘇丹黑，硫酸尼羅藍(lán)及油紅等。

三、按染色劑分子中的發(fā)色團(tuán)可分為九類

1.亞硝基類：發(fā)色團(tuán)為亞硝基（-NO)如萘酚緣-B。
2.硝基染料：發(fā)色團(tuán)是硝基（-NO2）如苦味酸。
3.偶氮類：發(fā)色團(tuán)為偶氮基（-N=N-）屬于這一類的染色劑的橘黃G,剛果紅,俾士麥棕和許多蘇丹類的脂質(zhì)染色劑。
4.醌亞胺類：這類染料含有兩個(gè)發(fā)色團(tuán)，一個(gè)是印胺基（-N=），一個(gè)是醌型苯環(huán)，如硫堇，美藍(lán)，甲苯胺藍(lán)O,硫酸尼羅藍(lán),中性紅,堿性藏紅花O，焦油紫等。
5.苯甲烷染料：發(fā)色團(tuán)是醌型苯環(huán)，如孔雀緣，淺綠，堿性品紅，酸性品紅，結(jié)晶紫，甲基緣等。
6.山叮染料：發(fā)色團(tuán)是醌型苯環(huán)，如派羅寧，伊紅Y等。
7.蒽醌染料：此類染色劑含有色原蒽醌，如茜素和胭脂蟲酸。
8.噻唑類。
9.喹啉類。
8，9類染色劑使用極少。

四、按染色劑的化學(xué)性質(zhì)分類

染色劑的干粉是穩(wěn)定的鹽類，它們?cè)谌芤褐袆t電離成酸性或堿性染色劑。如酸性染色劑，能夠產(chǎn)生氫離子（H+)或其它陽(yáng)離子(Na+),而其本身成為帶負(fù)電荷的陰離子者。這類染色劑一般用于染細(xì)胞漿，如伊紅Y，苦味酸，橘黃G等。堿性染色劑，能產(chǎn)生氫氧根離子（OH -)或其它負(fù)離子(如Cl-),而本身成為帶正電荷的陽(yáng)離子者。這類染色劑常用于染細(xì)胞核,如堿性品紅等。
1.酸性染色劑：色原——助色團(tuán)——Na→[色原-助色團(tuán)]+Na+。常用的如伊紅，酸性品紅，苦味酸，橘黃G，剛果紅，水溶性苯胺藍(lán)，淡綠等酸性染料常用以染細(xì)胞漿等堿性成份。
2.堿性染色劑：色原——助色團(tuán)——Cl→[色原-助色團(tuán)]++Cl。常用的如蘇木素,卡紅,次甲基藍(lán),甲苯胺藍(lán),硫堇,美藍(lán)等堿性染料常用以染細(xì)胞核等酸性成份。
嚴(yán)格地說，酸性染色劑的溶液并不一定呈酸性。同樣，堿性染色劑的溶液也未必呈堿性。所謂酸性和堿性染色劑僅指它們電離后其分子的主要染色部分是陽(yáng)離子還是陰離子。因此稱為陽(yáng)離子型染色劑或陰離子型染色劑更為適當(dāng)。
常規(guī)H.E染色中蘇木素染液的PH值約為7，此時(shí)胞核的化學(xué)成份電離產(chǎn)生H+，而其本身成為帶電荷的陰離子，所以被陽(yáng)離子型的堿性染料劑所著色。伊紅染液為弱酸性。細(xì)胞的化學(xué)成份從溶液中獲取H+而成為帶正電荷的陽(yáng)離子，因此與陰離子型的酸性染色劑（伊紅）相結(jié)合，染作紅色，這就是H.E染色分別顯示核和胞漿的機(jī)制。
3.中性染色劑：這是酸性染色劑和堿性染色劑的復(fù)合物，又可稱為復(fù)合染料。是由堿性染料（色堿的鹽）和酸性染料（色酸的鹽）配制而成。其中染色劑的分子很大，所以往往水中溶解度較低，需用酒精做溶劑。血液學(xué)中的血液涂片經(jīng)常使用的瑞氏染色劑及姬姆薩染色劑就是這種混合染色劑。其中的各種不同成分可分剔使核、胞漿和顆粒著色。