DNA甲基化在基因表達(dá)調(diào)控中扮演著重要的角色(人類的甲基化只發(fā)生在CpG位點(diǎn),大多數(shù)CpG島位于啟動(dòng)子和第一外顯子區(qū)域,啟動(dòng)子區(qū)域的甲基化抑制基因的表達(dá)),在正常的細(xì)胞發(fā)育和維持組織穩(wěn)定性方面有著重要的作用機(jī)制。人類的許多疾病(包括癌癥)都是由于異常的甲基化引起的。應(yīng)用芯片這個(gè)高通量手段檢測(cè)基因組的甲基化,會(huì)大大加速甲基化研究發(fā)展,提升研究效率,并很有可能發(fā)展成人類疾病診斷、預(yù)防和治療的有效工具,為此Illumina推出Illumina DNA甲基化芯片。
芯片名稱:Illumina Infinium Human Methylation450 BeadChip
芯片信息:每張芯片可平行進(jìn)行12個(gè)樣本的檢測(cè),包含了450,000多個(gè)甲基化位點(diǎn),全面覆蓋了96%的CpG島,并根據(jù)需求加入了CpG島以外的CpG位點(diǎn)、人類干細(xì)胞非CpG甲基化位點(diǎn)、正常組織與腫瘤(多種癌癥)組織差異甲基化位點(diǎn)、編碼區(qū)以外的CpG島、miRNA啟動(dòng)子區(qū)域和已通過(guò)GWAS的疾病相關(guān)區(qū)域的位點(diǎn),同時(shí)覆蓋了Human Methylation27 BeadChip的90%的位點(diǎn)。是唯一一款適合表觀基因組全關(guān)聯(lián)分析研究的全基因組DNA甲基化芯片。
技術(shù)路線
生物信息學(xué)分析
樣品要求
1)樣品類型:細(xì)胞、新鮮組織或DNA樣品。
2)樣品量:細(xì)胞樣品請(qǐng)?zhí)峁┲辽?×106個(gè)細(xì)胞,組織樣品請(qǐng)?zhí)峁┲辽?00mg的組織塊或切片。DNA樣品請(qǐng)?zhí)峁?μg以上的基因組DNA。
3)樣品質(zhì)量:DNA無(wú)明顯降解,OD260/280值在1.7~1.9之間,濃度≥ 50ng/μl。
4)樣品保存:細(xì)胞樣品或新鮮組織塊(切成~50mg的小塊)用液氮速凍后,-80℃保存。DNA樣品可溶于的超純水或TE(PH8.0)中,-20℃短期保存或者-80℃長(zhǎng)期保存。樣品保存期間避免反復(fù)凍融。
5)樣品運(yùn)輸:細(xì)胞或組織樣品置于1.5 ml管中,封口膜封好,干冰運(yùn)輸。DNA樣本放離心管或者PCR板中,密封后,冰袋運(yùn)輸。
參考文獻(xiàn)
[1] Harris RA, Nagy-Szakal D, Pedersen N, Opekun A, Bronsky J, Munkholm P, Jespersgaard C, Andersen P, Melegh B, Ferry G, Jess T, KellermayerR.Genome-wide peripheral blood leukocyte DNA methylation microarrays identified a single association with inflammatory bowel diseases.Inflamm Bowel Dis. 2012 Dec;18(12):2334-41. doi: 10.1002/ibd.22956. Epub 2012 Mar 29.
[2] Kulis M, Heath S, Bibikova M, et al. Epigenomic analysis detects widespread gene-body DNA hypomethylation in chronic lymphocytic leukemia.Nat Genet. 2012 Oct 14;44(11):1236-42. doi: 10.1038/ng.2443. Epub 2012 Oct 14.
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晶能生物技術(shù)(上海)有限公司(簡(jiǎn)稱“晶能生物”)成立于2010年2月。自成立以來(lái),高速發(fā)展,成為中國(guó)生物技術(shù)服務(wù)行業(yè)領(lǐng)先地位的公司。
晶能生物專注健康醫(yī)療產(chǎn)品和生命科學(xué)領(lǐng)域科技服務(wù),抓住了中國(guó)健康醫(yī)療產(chǎn)業(yè)的巨大機(jī)遇和生命科學(xué)市場(chǎng)的快速成長(zhǎng)勢(shì)頭,形成了以產(chǎn)品研發(fā)和科技服務(wù)為核心,涉足生命科學(xué),臨床疾病、人類健康等領(lǐng)域的產(chǎn)業(yè)化服務(wù)體系,在產(chǎn)品研發(fā)、人才建設(shè)、市場(chǎng)營(yíng)銷、銷售渠道、專業(yè)服務(wù)等方面形成極具競(jìng)爭(zhēng)優(yōu)勢(shì)的中國(guó)知名的高新技術(shù)企業(yè)。
晶能生物注重產(chǎn)品開(kāi)發(fā),成立創(chuàng)新健康醫(yī)療研究中心,資深的專家團(tuán)隊(duì)、國(guó)際先進(jìn)的儀器設(shè)備,完善的管理和研發(fā)體系,讓中心成為一個(gè)充滿激情、力量雄厚、極具發(fā)展?jié)摿Φ难邪l(fā)機(jī)構(gòu)。
晶能生物通過(guò)ISO9001:2008質(zhì)量體系認(rèn)證, 并率先成為illumine CsPro和BioNano官方認(rèn)證服務(wù)商。主要技術(shù)平臺(tái)有BioNano單分子光學(xué)圖譜平臺(tái)、Illumina-Hiseq3000高通量測(cè)序平臺(tái)、Illumina-Hiseq2500高通量測(cè)序平臺(tái)、Illumina-Hiseq1500高通量測(cè)序平臺(tái)、Illumina-Miseq高通量測(cè)序平臺(tái),Illumina-iScan基因芯片平臺(tái)、Illumina-ECO Real Time PCR平臺(tái)、Sequenome-質(zhì)譜分析平臺(tái)、曙光高性能服務(wù)器平臺(tái)以及各種配套設(shè)備,完成項(xiàng)目達(dá)到近2000個(gè),完成專利達(dá)到近10項(xiàng),合作客戶發(fā)表文章影響因子超過(guò)400。晶能生物已取得國(guó)內(nèi)二代測(cè)序,基因芯片等市場(chǎng)的競(jìng)爭(zhēng)優(yōu)勢(shì),成為這個(gè)行業(yè)的領(lǐng)先者。
晶能生物奉行客戶第一、共享快樂(lè)、共同成長(zhǎng)、持續(xù)發(fā)展的原則,始終懷著感恩的心態(tài),努力做一個(gè)讓社會(huì)、客戶、員工和股東滿意的企業(yè),并成為提供健康醫(yī)療產(chǎn)品和科技服務(wù)的領(lǐng)導(dǎo)性公司。