隨著高通量測序的發展,越來越多的物種被測序。無參轉錄組是指在沒有參考基因組的情況下,對真核生物的轉錄組進行測序。
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隨著高通量測序的發展,越來越多的物種被測序。無參轉錄組是指在沒有參考基因組的情況下,對真核生物的轉錄組進行測序,然后從頭組裝轉錄組(de novo),進行unigene的表達,差異和功能注釋等分析,為深入研究該物種提供研究方向和思路。
由于絕大部分已知物種是沒有參考基因組的,因此該方法特別適用于研究新物種。
RNA:2 μg
細胞:2x106
動物組織:50 mg
植物組織:500 mg
全血、血清、血漿:2 ml
經典案例
1. Das RR, Pradhan S, Parida A. De-novo transcriptome analysis unveils differentially expressed genes regulating drought and salt stress response in Panicum sumatrense. Sci Rep. 2020 Dec 4;10(1):21251
2. Sahu R, Sahu SK, Nishank SS. de novo transcriptome profile of two earthworms Lampito mauritii and Drawida calebi during regeneration. Biochem Biophys Rep. 2021 Aug 9;27:101092
3. Kohli P, Marazzi L, Eastman D. Transcriptome analysis of axolotl oropharyngeal explants during taste bud differentiation stages. Mech Dev. 2020 Mar;161:103597