微生物多樣性測序

對16S rDNA/18S rDNA/ITS/功能基因等特定區(qū)段PCR產(chǎn)物進(jìn)行高通量測序

服務(wù)類別：	測序/合成	總訪問：	348
最后更新：	2023-4-23	半年訪問：	6
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服務(wù)商：上海中科新生命生物科技有限公司

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服務(wù)介紹
公司簡介

基于illumina 測序平臺，微生物多樣性測序（又稱擴(kuò)增子測序）是指對16S rDNA/18S rDNA/ITS/功能基因等特定區(qū)段PCR產(chǎn)物進(jìn)行高通量測序，突破傳統(tǒng)微生物不可培養(yǎng)的缺點(diǎn)，獲得環(huán)境樣本中的微生物群落結(jié)構(gòu)、進(jìn)化關(guān)系以及微生物與環(huán)境相關(guān)性等信息。

實(shí)驗(yàn)流程

應(yīng)用方向
生物領(lǐng)域各個(gè)研究方面，如：
▶ 農(nóng)林領(lǐng)域：抗逆脅迫機(jī)制，生長發(fā)育機(jī)制，育種保護(hù)研究等；
▶ 畜牧業(yè)：肉類及乳品質(zhì)研究，致病機(jī)理研究等；
▶ 基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、臨床診斷：生物標(biāo)志物，疾病機(jī)理機(jī)制，疾病分型，個(gè)性化治療等；
▶ 生物醫(yī)藥：藥物作用機(jī)理，藥效評價(jià)，藥物開發(fā)等；
▶ 生物能源、環(huán)境科學(xué)領(lǐng)域：發(fā)酵過程優(yōu)化，生物燃料生產(chǎn)，環(huán)境危定風(fēng)險(xiǎn)評估研究等。

數(shù)據(jù)分析

分析內(nèi)容	解決問題
OUT聚類及物種注釋	各樣本的OUT聚類和注釋結(jié)果
物種組成分析	各樣本/分組在門、綱、目、科、屬分類水平上的組成信息
進(jìn)化分析	研究物種的系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系
樣品復(fù)雜度分析（Alpha多樣性分析）	分析各樣品內(nèi)微生物群落的多樣性
樣本比較分析（Beta多樣性分析）	分析各樣本間的差異
組間群落結(jié)構(gòu)差異分析	分析組間微生物群落結(jié)構(gòu)的差異是否顯著
組間物種差異分析	尋找組間具有顯著差異的物種

技術(shù)優(yōu)勢
▶ 樣本類型廣泛：糞便、內(nèi)容物、土壤、水體、淤泥、發(fā)酵物等樣本
▶ 靈活：多種測序策略可滿足16S/18S/ITS不同高變區(qū)域的研究需求
▶ 鑒定到“種”，準(zhǔn)確性高：菌群多樣性鑒定精細(xì)到“種”，分類更明確；從堿基保守水平測定，真實(shí)反映物種情況
▶ 平臺優(yōu)，數(shù)據(jù)質(zhì)量高：基于優(yōu)質(zhì)的Illumina測序平臺，數(shù)據(jù)質(zhì)量高，Q30＞85%；
▶ 質(zhì)控嚴(yán)格：嚴(yán)格的質(zhì)控管理，確保每一個(gè)環(huán)節(jié)都出色完成
▶ 分析內(nèi)容豐富：可選擇與宏基因組、宏蛋白組、代謝組聯(lián)合分析，分析內(nèi)容更豐富。

參考文獻(xiàn)
1.Gut bacterial diversity of the tribes of India and comparison with the worldwide data. Scientific Report. 2016, IF=5.228
16S rDNA擴(kuò)增子測序，研究不同部落印度人腸道微生物的多樣性
2.Combined Signature of the Fecal Microbiome and Metabolome in Patients with Gout. Frontiers in Microbiology. 2017，IF=4.076
16S rDNA擴(kuò)增子測序+代謝組─挖掘痛風(fēng)患者菌群-代謝相互之間的作用關(guān)系
3.Dysbiotic gut microbiota causes transmissible Crohn’s disease-like ileitis independent of failure in antimicrobial defence. Gut. 2016, IF=14.921
16S rDNA擴(kuò)增子測序+宏蛋白組學(xué)，腸道微生物在慢性回腸炎疾病進(jìn)展中的作用機(jī)制
4.The Dynamics of the Human Infant Gut Microbiome in Development and in Progression toward Type 1 Diabetes. Cell Host & Microbe. 2015，IF=12.552
16S rDNA擴(kuò)增子測序+宏基因組+代謝組─研究嬰兒腸道微生物在Ⅰ型糖尿病發(fā)病過程中的動態(tài)變化

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