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The docking calculation was performed using Yinfo Cloud Computing Platform, a friendly and versatile web server for biomedicinal, material, and statistical researches (https://cloud.yinfotek.com).
致謝范例:
We thank Guangzhou Yinfo Information Technology Co., Ltd. for providing a friendly and versatile web server (https://cloud.yinfotek.com) to aid the docking studies.
Dock6分子對接(結(jié)合模式預(yù)測)
– 簡介
分子對接(molecular docking)是一種基于結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計方法,經(jīng)常用于預(yù)測生物大分子與有機(jī)小分子的結(jié)合模式及親和力。本計算方案采用UCSF DOCK 6.9軟件作為分子對接引擎,實現(xiàn)了蛋白、多肽、核酸與有機(jī)小分子、短肽、核酸片斷的分子對接功能。根據(jù)官方的測試數(shù)據(jù)和我們多年的使用經(jīng)驗,該方案的結(jié)合模式預(yù)測效果相當(dāng)好,對接打分易于解釋相互作用。我們推薦使用。
– 應(yīng)用場景
生物大分子(蛋白、多肽、核酸)與有機(jī)小分子(或短肽、核酸片斷)的結(jié)合模式與親和力預(yù)測。
– 收費標(biāo)準(zhǔn)
普通:100元/個分子
套餐:敬請期待
– 教程
http://www.yinfotek.com/tutorials
– 參考文獻(xiàn)
P. Therese Lang, Scott R. Brozell, Sudipto Mukherjee, Eric F. Pettersen, Elaine C. Meng, Veena Thomas, Robert C. Rizzo, David A. Case, Thomas L. James, and Irwin D. Kuntz. DOCK 6: Combining techniques to model RNA–small molecule complexes. RNA. 2009 Jun; 15(6): 1219–1230. doi: 10.1261/rna.1563609
Vina分子對接(結(jié)合模式預(yù)測)
– 簡介
AutoDock Vina是一款最為流行的開源分子對接軟件。本方案采用Vina 1.0程序作為分子對接引擎,經(jīng)過拓展,針對蛋白、多肽、核酸與有機(jī)小分子,建立了完整便捷的分子對接流程。通常情況下,1小時內(nèi)即可完成一篇分子對接文章所需的全部計算工作。
– 應(yīng)用場景
生物大分子(蛋白、多肽、核酸)與有機(jī)小分子(或短肽、核酸片斷)、主客體體系的結(jié)合模式與親和力預(yù)測。
– 收費標(biāo)準(zhǔn)
普通:100元/個分子
套餐:敬請期待
– 教程
http://www.yinfotek.com/tutorials
– 參考文獻(xiàn)
Oleg Trott and Arthur J. Olson, AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading, Journal of Comput Chem. 2010 Jan 30; 31(2): 455–461. doi: 10.1002/jcc.21334