技術簡介

用體外轉錄法標記生物素RNA探針，然后與胞漿蛋白提取液孵育，形成RNA-蛋白質復合物。該復合物可與鏈霉親和素標記的磁珠結合，從而與孵育液中的其他成分分離。復合物洗脫后，通過Western Blot檢測特定的RNA結合蛋白是否與RNA相互作用，質譜實驗檢測特定的RNA結合蛋白鑒定蛋白質類型。

圖注：云序RNA pull-down實驗流程

云序優勢：

低豐度富集：

富集檢測低豐度目的蛋白-RNA復合物

具有成熟蛋白質組學平臺：

提供RNApull-down 產物WesternBlot及質譜鑒定。

專業的生信信息分析：

提供SCI發表級別的圖表。

樣本要求：

樣品類型

細胞、組織或IP后的RNA，其它樣品信息請詳詢

樣品量

a）細胞：5×10⁸

b）組織：500mg

c）IP后的RNA >1μg

樣品運輸與保存

樣品運輸：樣品置于1.5mL Eppendorf管中，封口膜封好，干冰運輸。

樣品保存：細胞樣品或新鮮組織塊可用TRIZOL或RNA保護劑處理，液氮凍存后-80℃保存；RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中，-80℃保存，避免反復凍融。

案例解析：

案例 1  RNA pull-down檢測lncRNA與蛋白質相互作用 

近年來，大量的研究表明長鏈非編碼RNA（LncRNA）與多種癌癥的發生息息相關，這篇文章中作者研究了在非小細胞肺癌（NSCLCs）中起重要調控作用的lncRNA-linc00630。作者通過RNA pull-down等實驗發現，linc00630主要通過結合組蛋白去乙酰化酶I（HDAC1）以及DEAD-box解旋酶23（DDX23）來發揮其功能機制。

圖注：長鏈非編碼RNA-Linc00630表達驗證及功能表征

案例2  RNA pull-down檢測circRNA與蛋白質相互作用

環狀RNA是近年來受到廣泛關注一類非編碼RNA，目前主要認為環狀RNA通過miRNA海綿機制調控基因表達，但是對于其更全面的分子功能知之甚少。這篇文章中作者發現在不同癌細胞中circ-Foxo3持續少量表達，而在癌細胞凋亡的過程中，circ-Foxo3表達量顯著性增加。circ-Foxo3可以促進MDM2介導p53進入泛素化途徑降解，使p53含量下降，同時circ-Foxo3又可以通過阻止MDM2介導Foxo3泛素化而提高Foxo3的表達量。

圖注：circ-Foxo3癌細胞中表達情況

上海云序生物科技有限公司 

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上海云序生物科技有限公司于2015年成立，坐落于上海漕河涇新興技術開發區，專注于表觀修飾以及轉錄組領域，依托于高通量測序、定量PCR、質譜技術和生物信息學等核心技術，集科研服務、醫學檢測、產品研發于一體的創新技術企業。
云序生物聚焦科研前沿領域，是國內率先開展RNA修飾，轉錄組及eccDNA研究的創新性企業，提供各類RNA修飾，各類RNA分子（mRNA及非編碼RNA），各類測序技術（IP類，單堿基類）及eccDNA系統性解決方案。云序作為國內表觀修飾&轉錄組領域的領軍者，擁有一支具有國際水準的生物信息分析團隊，不僅可以提供標準化的生物信息分析，還提供個性化的深度數據挖掘，與眾多學術機構建立了合作關系，合作單位包括超過300家科研院所和高校、200余家醫院等，目前已成功完成人、動植物、原核生物等在內的數百個物種；組織、細胞、血清、血漿、胎盤、視網膜，房水等不同種類型，累計上萬個樣本的實驗及數據分析服務，參與的研究成果在各大國際頂級期刊發表數百篇，影響因子累積10000+。