簡(jiǎn)介

    超級(jí)增強(qiáng)子lncRNA（SE-lncRNA）是一類(lèi)由超級(jí)增強(qiáng)子區(qū)域轉(zhuǎn)錄而來(lái)的lncRNA。該lncRNA與超級(jí)增強(qiáng)子一起，調(diào)控特定細(xì)胞譜系發(fā)育和身份決定過(guò)程中的基因表達(dá)。SE-lncRNA與多種疾病有關(guān)，許多病理性表型都伴隨著SE-lncRNA表達(dá)水平的顯著變化[1-3]。SE-lncRNA表達(dá)水平檢測(cè)對(duì)于研究超級(jí)增強(qiáng)子活性、功能機(jī)制和疾病相關(guān)性都十分必需。Arraystar公司開(kāi)發(fā)了市場(chǎng)上首款SE-lncRNA芯片，可同時(shí)對(duì)SE-lncRNA以及受其調(diào)控的編碼基因進(jìn)行全面、系統(tǒng)的表達(dá)檢測(cè)。Arraystar SE-lncRNA芯片目前包含人和小鼠兩個(gè)版本。

參考文獻(xiàn)

1. Bradner JE, Hnisz D, Young RA: Transcriptional Addiction in Cancer. Cell 2017, 168(4):629-643.[PMID: 28187285]

2. Alvarez-Dominguez JR, Knoll M, Gromatzky AA, Lodish HF: The Super-Enhancer-Derived alncRNA-EC7/Bloodlinc Potentiates Red Blood Cell Development in trans. Cell Rep 2017, 19(12):2503-2514.[PMID: 28636939]

3. Xiang JF et al: Human colorectal cancer-specific CCAT1-L lncRNA regulates long-range chromatin interactions at the MYC locus. Cell Res 2014, 24(5):513-531.[PMID: 24662484]

4. Vucicevic D et al: Long ncRNA expression associates with tissue-specific enhancers. Cell Cycle 2015, 14(2):253-260.[PMID: 25607649]

5. Hon CC et al: An atlas of human long non-coding RNAs with accurate 5' ends. Nature 2017, 543(7644):199-204.[PMID: 28241135]

6. Soibam B: Super-lncRNAs: identification of lncRNAs that target super-enhancers via RNA:DNA:DNA triplex formation. RNA 2017, 23(11):1729-1742.[PMID: 28839111]

芯片特點(diǎn)

強(qiáng)大而可靠的SE-lncRNA收集與鑒定方法

• lncRNA信息來(lái)自Arraystar公司所專(zhuān)有的高質(zhì)量的轉(zhuǎn)錄組與lncRNA數(shù)據(jù)庫(kù)

- 收集整理了Refseq, UCSC knownGene, GENCODE, lncRNAdb, RNAdb, NRED和lncRNA Catalogs等權(quán)威數(shù)據(jù)庫(kù)中的lncRNA

- 收集了注釋完善、經(jīng)過(guò)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證和有Pubmed索引的“金標(biāo)準(zhǔn)”lncRNA

- 手動(dòng)收集了權(quán)威期刊上新出現(xiàn)的lncRNA

• 超級(jí)增強(qiáng)子區(qū)域信息來(lái)自dbSUPER數(shù)據(jù)庫(kù)
• Mapping到超級(jí)增強(qiáng)子區(qū)域的lncRNA被鑒定為SE-lncRNA

圖1. Arraystar SE-lncRNA芯片內(nèi)容收集流程圖。

一塊芯片同時(shí)檢測(cè)SE-lncRNA及其靶基因的表達(dá)水平，可直觀、精確的找到二者之間的調(diào)控關(guān)系

針對(duì)特定的外顯子或剪接區(qū)域設(shè)計(jì)探針，特異性的區(qū)分SE-lncRNA的不同isoform（圖2）；靈敏度高，可檢測(cè)到細(xì)胞中的單拷貝轉(zhuǎn)錄本

圖 2. 探針#2可特異性的檢測(cè)isoform CCAT1-L。

提供超級(jí)增強(qiáng)子、超級(jí)增強(qiáng)子lncRNA與其靶基因的詳盡注釋信息

圖 3. SE-lncRNA注釋信息示例。

高效的標(biāo)記方法保證了SE-lncRNA定量檢測(cè)的高靈敏度和高精確性

    超級(jí)增強(qiáng)子一般具有穩(wěn)定性差、半衰期短的特點(diǎn)。它們能以極低的拷貝數(shù)發(fā)揮順式作用，激活靶基因的表達(dá)。比如，SE-lncRNA HOTTIP可激活HOXA基因簇，其在細(xì)胞中的平均拷貝數(shù)少于1。

    為了精確地檢測(cè)這些瞬時(shí)、低水平的SE-lncRNA，Arraystar科學(xué)家開(kāi)發(fā)了一套高效的線(xiàn)性擴(kuò)增方法，能夠?yàn)槎嗑巯佘栈�或非多聚腺苷化的轉(zhuǎn)錄本產(chǎn)生足量的熒光標(biāo)記cRNA。在此過(guò)程中，將分別攜帶有T7聚合酶啟動(dòng)子序列的oligo(dT)和隨機(jī)引物以最優(yōu)的比例混合，與RNA一起退火，合成cDNA第一鏈，隨后與5’接頭一起退火，合成雙鏈cDNA，然后進(jìn)行PCR擴(kuò)增。最后，由T7 RNA聚合酶進(jìn)行體外轉(zhuǎn)錄，合成帶有Cy3或Cy5標(biāo)記的cRNA（圖6）。

    該標(biāo)記方法極大的增加了低豐度或降解RNA分子的cRNA產(chǎn)物，比傳統(tǒng)方法提高了100多倍。

圖6. Arraystar公司 cRNA標(biāo)記流程。(1) cDNA第一鏈合成與5’接頭退火。 以攜帶有T7聚合酶啟動(dòng)子序列的oligo(dT)和隨機(jī)引物混合物為反轉(zhuǎn)引物，合成cDNA第一鏈，并與5’接頭退火，合成cDNA第二鏈。(2) PCR擴(kuò)增。使用RT引物和5’接頭對(duì)雙鏈cDNA進(jìn)行低循環(huán)數(shù)的PCR擴(kuò)增。(3) 體外轉(zhuǎn)錄和標(biāo)記反義RNA (aRNA)。以Cy3或Cy5標(biāo)記的核苷酸為底物，雙鏈cDNA為模板，使用T7 RNA聚合酶進(jìn)行體外轉(zhuǎn)錄，合成帶有熒光標(biāo)記的反義RNA。線(xiàn)性擴(kuò)增保留了原始轉(zhuǎn)錄本的相對(duì)水平和完整序列，且無(wú)3’偏好性。

數(shù)據(jù)庫(kù)

人SE-lncRNA芯片參數(shù)

圖4. Arraystar公司人SE-lncRNA芯片內(nèi)容。

小鼠SE-lncRNA芯片參數(shù)

圖5. Arraystar公司小鼠 SE-lncRNA 芯片內(nèi)容。

實(shí)驗(yàn)流程

1.樣品總RNA抽提

    若實(shí)驗(yàn)對(duì)象為組織樣品，取適量（50-100mg）新鮮組織樣品或正確保存的組織樣品，加1ml的RNA抽提試劑Trizol（Invitrogen），勻漿后抽提RNA。
    若實(shí)驗(yàn)對(duì)象為細(xì)胞樣品，每份樣品取1×10⁶~1×10⁷細(xì)胞，完全吸去培養(yǎng)液后加1ml的RNA抽提試劑Trizol（Invitrogen），裂解后抽提RNA。
2. RNA質(zhì)量檢測(cè)
    使用Nanodrop測(cè)定RNA在分光光度計(jì)260nm、280nm和230nm的吸收值，以計(jì)算濃度并評(píng)估純度。
    使用甲醛變性瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)RNA純度及完整性
3. cDNA樣品合成和cRNA標(biāo)記
4.標(biāo)記效率質(zhì)量檢測(cè)
    使用Nanodrop檢測(cè)熒光標(biāo)記效率，以保證后續(xù)芯片實(shí)驗(yàn)結(jié)果的可靠性。
5.芯片雜交
    在標(biāo)準(zhǔn)條件下將標(biāo)記好的探針和高密度芯片進(jìn)行雜交。
6.圖像采集和數(shù)據(jù)分析
    使用GenePix 4000B芯片掃描儀掃描芯片的熒光強(qiáng)度，并將實(shí)驗(yàn)結(jié)果轉(zhuǎn)換成數(shù)字型數(shù)據(jù)保存，使用配套軟件對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行分析運(yùn)算。
7.提供實(shí)驗(yàn)報(bào)告
    芯片掃描圖
    實(shí)驗(yàn)方法中英文報(bào)告
    RNA質(zhì)檢報(bào)告
    芯片數(shù)據(jù)結(jié)果報(bào)告，包括差異表達(dá)SE-LncRNA列表，差異表達(dá)基因列表

上海康成生物工程有限公司自2002年起專(zhuān)注于生物科研技術(shù)服務(wù)，是國(guó)內(nèi)最早一批專(zhuān)業(yè)提供生命科學(xué)前沿研究技術(shù)服務(wù)的高科技企業(yè)。為進(jìn)一步拓展在醫(yī)學(xué)科研服務(wù)領(lǐng)域業(yè)務(wù)的深度和廣度，向多譜領(lǐng)域發(fā)展，重塑品牌 Aksomics（數(shù)譜生物）。Aksomics全面整合公司在非編碼RNA（lncRNA、circRNA、small RNA等）、表觀遺傳學(xué)、蛋白組學(xué)等檢測(cè)方向的核心技術(shù)，依靠自身優(yōu)秀的研發(fā)、技術(shù)、營(yíng)銷(xiāo)和服務(wù)團(tuán)隊(duì)，憑借國(guó)際領(lǐng)先的技術(shù)平臺(tái)和高標(biāo)準(zhǔn)的質(zhì)控體系，形成了涵蓋表觀基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)及代謝組學(xué)等各個(gè)研究領(lǐng)域的一站式技術(shù)平臺(tái)。

【表觀基因組學(xué)】 DNA甲基化芯片、DNA羥甲基化芯片、染色質(zhì)免疫共沉淀芯片、DNA甲基化測(cè)序、DNA羥甲基化測(cè)序、染色質(zhì)免疫共沉淀測(cè)序、MeDIP-PCR、hMeDIP-PCR、ChIP-PCR等

【轉(zhuǎn)錄組學(xué)】LncRNA芯片、LncPath™芯片、環(huán)狀RNA芯片、T-UCR芯片、microRNA芯片、piRNA芯片、全基因組表達(dá)譜芯片、RNA測(cè)序、RNA m6A甲基化測(cè)序、small RNAs測(cè)序系列（microRNA測(cè)序、tRF&tiRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、piRNA測(cè)序等）、LC-MS tRNA修飾檢測(cè)、 nrStar™ ncRNA PCR芯片（tRF&tiRNA，tRNA，snoRNA，F(xiàn)unctional LncRNA）、miRStar™癌癥特異性microRNA PCR芯片、NuRNATM mRNA PCR芯片、功能分類(lèi)PCR芯片、LncRNA實(shí)時(shí)定量PCR、環(huán)狀RNA實(shí)時(shí)定量PCR、tRF&tiRNA實(shí)時(shí)定量PCR、microRNA實(shí)時(shí)定量PCR、mRNA實(shí)時(shí)定量PCR

【蛋白組學(xué)平臺(tái)】TMT標(biāo)記定量蛋白組學(xué)服務(wù)、Lable-free定量蛋白組學(xué)服務(wù)、磷酸化修飾蛋白組學(xué)服務(wù)、泛素化修飾蛋白組學(xué)服務(wù)、N-糖基化修飾蛋白組學(xué)服務(wù)、乙酰化修飾蛋白組學(xué)服務(wù)、蛋白-蛋白相互作用組學(xué)

【代謝組學(xué)】靶向代謝組學(xué)、非靶向代謝組學(xué)

【外泌體組學(xué)】外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)、外泌體蛋白質(zhì)組學(xué)、外泌體代謝組學(xué)
康成生物為Agilent、Arraystar、Exiqon、Illumina、Qiagen、Thermo Fisher等國(guó)際知名品牌提供技術(shù)服務(wù)。康成客戶(hù)采用各類(lèi)技術(shù)服務(wù)發(fā)表的SCI論文已超560篇。康成生物將持續(xù)聚焦生命科學(xué)發(fā)展的挑戰(zhàn)，提供有競(jìng)爭(zhēng)力的產(chǎn)品和服務(wù)，持續(xù)為客戶(hù)創(chuàng)造最大價(jià)值。

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