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染色質免疫沉淀技術（chromatin immunoprecipitation assay, ChIP）是目前唯一研究活細胞內DNA與蛋白質相互作用的方法。
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ChIP的一般流程：
甲醛處理細胞---收集細胞，超聲破碎---加入目的蛋白的抗體，與靶蛋白-DNA復合物相互結合---加入ProteinA，結合抗體-靶蛋白-DNA復合物，并沉淀---對沉淀下來的復合物進行清洗，除去一些非特異性結合---洗脫，得到富集的靶蛋白-DNA復合物---解交聯，純化富集的DNA-片斷---PCR分析。
在PCR分析這一塊，比較傳統的做法是半定量-PCR。但是現在隨著熒光定量PCR的普及，大家也越來越傾向于Q-PCR了。此外還有一些由ChIP衍生出來的方法。例如RIP（其實就是用ChIP的方法研究細胞內蛋白與RNA的相互結合，具體方法和ChIP差不多，只是實驗過程中要注意防止RNase，最后分析的時候需要先將RNA逆轉錄成為cDNA）；還有ChIP-chip（其實就是ChIP富集得到的DNA-片段，拿去做芯片分析，做法在ChIP的基礎上有所改變，不同的公司有不同的做法，要根據公司的要求來準備樣品）。
具體操作流程：
第一天：
（一）、細胞的甲醛交聯與超聲破碎。
1、取出1平皿細胞（10cm平皿），加入243 ul 37%甲醛，使得甲醛的終濃度為1%（培養基共有9ml）。
2、37攝氏度孵育10min。
3、終止交聯：加甘氨酸至終濃度為0.125M。450 ul 2.5M甘氨酸于平皿中�；靹蚝�，在室溫下放置5min即可。
4、吸盡培養基，用冰冷的PBS清洗細胞2次。
5、細胞刮刀收集細胞于15ml離心管中（PBS依次為5ml，3ml和3ml）。預冷后2000rpm 5min收集細胞。
6、倒去上清。按照細胞量，加入SDS Lysis Buffer。使得細胞終濃度為每200ul含2×106個細胞。這樣每100ul溶液含1×106個細胞。再加入蛋白酶抑制劑復合物。假設MCF7長滿板為5×106個細胞。本次細胞長得約為80%。即為4×106個細胞。因此每管加入400ul SDS Lysis Buffer。將2管混在一起，共800ul。
7、超聲破碎：VCX750，25%功率，4.5S沖擊，9S間隙。共14次。
（二）、除雜及抗體哺育。
8、超聲破碎結束后，10，000g 4oC離心10min。去除不溶物質。
留取300ul做實驗，其余保存于-80oC。
300ul中，100ul加抗體做為實驗組；100ul不加抗體做為對照組；100ul加入4ul5MNaCl（NaCl終濃度為0.2M），65oC處理3h解交聯，跑電泳，檢測超聲破碎的效果。
9、在100ul的超聲破碎產物中，加入900ulChIPDilutionBuffer和20ul的50×PIC。
再各加入60ulProteinAAgarose/SalmonSpermDNA。4oC顛轉混勻1h。
10、1h后，在4攝氏度靜置10min沉淀，700rpm離心1min。
11、取上清。各留取20ul做為input。一管中加入1ul抗體，另一管中則不加抗體。4oC顛轉過夜。
（三）、檢驗超聲破碎的效果。
取100ul超聲破碎后產物，加入4ul5MNaCl，65oC處理2h解交聯。分出一半用酚/氯仿抽提。電泳檢測超聲效果。
第二天：
（一）、免疫復合物的沉淀及清洗。
12、孵育過夜后，每管中加入60ulProteinAAgarose/SalmonSpermDNA。4oC顛轉2h。
13、4oC靜置10min后，700rpm離心1min。除去上清。
14、依次用下列溶液清洗沉淀復合物。清洗的步驟：加入溶液，在4oC顛轉10min，4oC靜置10min沉淀，700rpm離心1min，除去上清。
洗滌溶液：a.low salt wash buffer-one wash
b.highsalt wash buffer-one wash
c.LiCl wash buffer-one wash
d.TE buffer-two wash
15、清洗完畢后，開始洗脫。洗脫液的配方：100ul10%SDS，100ul1MNaHCO3，800ulddH2O，共1ml。
每管加入250ul洗脫buffer，室溫下顛轉15min，靜置離心后，收集上清。重復洗滌一次。最終的洗脫液為每管500ul。
16、解交聯：每管中加入20ul 5M NaCl（NaCl終濃度為0.2M）。
混勻，65oC解交聯過夜。
第三天：
（一）、DNA樣品的回收
17、解交聯結束后，每管加入1ulRNaseA（MBI），37oC孵育1h。
18、每管加入10ul0.5MEDTA，20ul1MTris.HCl（PH6.5），2ul10mg/ml蛋白酶K。45oC處理2h。
19、DNA片段的回收----omega膠回收試劑盒。最終的樣品溶于100ulddH2O。
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