ChIP實驗流程如下圖所示，具體操作步驟包括：
第一步、細胞的甲醛固定
交聯所用的甲醛終濃度約為1%，而交聯時間需要預實驗來確定。交聯時間如果過長，細胞染色質難以用超聲波破碎，影響ChIP結果，而且實驗材料也容易在離心過程中丟失。交聯時間如果過短，則交聯不完全，產生假陰性。甲醛的交聯反應可被加入的甘氨酸終止。通常的交聯條件為室溫10 min。
第二步、超聲波斷裂染色質
甲醛交聯后的染色質對限制酶和DNase I高度抵抗，因此通常使用超聲使得染色質斷裂。超聲波是使用機械力斷裂染色質，容易引起升溫或產生泡沫，這都會引起蛋白質變性，進而影響ChIP的效率。所以在超聲波斷裂染色質時，要在冰上進行，且要設計時斷時續的超聲程序，保證低溫。總超聲時間也不要太長，以免蛋白降解。打斷后的染色質片段的長度主要集中在200-1000bp左右(可以用瓊脂糖凝膠電泳來鑒定)。
第三步、用特異性抗體與目的蛋白結合，免疫沉淀蛋白和DNA復合物。
抗體的量要進行優化，防止非特異的結合。用Protein-A/G Sepharose回收免疫沉淀復合體。經過洗滌除去非特異結合的染色質。
第四步、65℃解交聯蛋白質和DNA復合物，消化蛋白質，純化富集的DNA。
在免疫沉淀復合體中加人不含DNase的RNase和蛋白酶K，65℃保溫6h以上，使交聯逆轉。交聯逆轉后用QIAquick DNA cleanup system純化回收DNA。純化的DNA極少，可用NanoDrop? ND-1000儀定量。
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ChIP質量控制的技術指標
抗體與目的蛋白結合的有效性和特異性。ChIP所選擇的目的蛋白的抗體是ChIP實驗成功的關鍵。因為在蛋白質與染色質交聯結合時，抗體的抗原表位可能因為與結合位點的距離太近，不能被抗體識別，所以不能有效地在體內形成免疫沉淀復合物，直接影響ChIP的結果。所以不是所有的抗體都能做ChIP實驗的，只有經過ChIP實驗驗證后的抗體才能確保實驗結果的可靠性。如果目的蛋白沒有商品化的適用于染色質免疫沉淀實驗的抗體，只有其他用途的抗體時，可以先做蛋白質免疫沉淀檢測。如果抗體可以成功的沉淀蛋白，再進行染色質免疫沉淀實驗的檢測。
交聯的條件：交聯所用的甲醛終濃度約為1%，而交聯時間需要預實驗來確定。通常的交聯條件為室溫10 min。甲醛的交聯反應可被加入的甘氨酸終止。交聯時間如果過長，細胞染色質難以用超聲波破碎，影響ChIP結果，而且實驗材料也容易在離心過程中丟失。交聯時間如果過短，則交聯不完全，產生假陰性。
超聲片段的大小：打斷后的染色質片段的長度應主要集中在200-1000bp左右。交聯時間如果過長，細胞染色質難以用超聲波破碎，影響ChIP結果，而且實驗材料也容易在離心過程中丟失。交聯時間如果過短，則交聯不完全，產生假陰性。
陽性與陰性對照：在做ChIP實驗時，一定要做好實驗對照，因為沒有對照，很難對實驗結果的可靠性進行評估。陽性抗體和陰性抗體對照是最基本的實驗對照，陽性抗體通常選擇與已知序列相結合的比較保守的蛋白的抗體，常用的包括組蛋白抗體或RNA Polymerase II抗體等；陰性抗體通常選擇目的蛋白抗體宿主的IgG。目的蛋白抗體的結果與陽性抗體和陰性抗體的結果相比較，才能得出正確結論。另外，還應考慮目的蛋白抗體與DNA的非特異性結合的可能，所以通常還會選擇數對陰性引物，即目的蛋白肯定不會結合的DNA序列，作為該抗體的陰性對照。
交聯的條件：交聯所用的甲醛終濃度約為1%，而交聯時間需要預實驗來確定。通常的交聯條件為室溫10 min。甲醛的交聯反應可被加入的甘氨酸終止。交聯時間如果過長，細胞染色質難以用超聲波破碎，影響ChIP結果，而且實驗材料也容易在離心過程中丟失。交聯時間如果過短，則交聯不完全，產生假陰性。
超聲片段的大小：打斷后的染色質片段的長度應主要集中在200-1000bp左右。交聯時間如果過長，細胞染色質難以用超聲波破碎，影響ChIP結果，而且實驗材料也容易在離心過程中丟失。交聯時間如果過短，則交聯不完全，產生假陰性。
陽性與陰性對照：在做ChIP實驗時，一定要做好實驗對照，因為沒有對照，很難對實驗結果的可靠性進行評估。陽性抗體和陰性抗體對照是最基本的實驗對照，陽性抗體通常選擇與已知序列相結合的比較保守的蛋白的抗體，常用的包括組蛋白抗體或RNA Polymerase II抗體等；陰性抗體通常選擇目的蛋白抗體宿主的IgG。目的蛋白抗體的結果與陽性抗體和陰性抗體的結果相比較，才能得出正確結論。另外，還應考慮目的蛋白抗體與DNA的非特異性結合的可能，所以通常還會選擇數對陰性引物，即目的蛋白肯定不會結合的DNA序列，作為該抗體的陰性對照。
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