生物信息學(xué)分析

Bioinformatics analysis

生物信息學(xué)的發(fā)展，已不僅是單純的對基因組、蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)的分析，而且可以對已知的或新的基因產(chǎn)物進(jìn)行全面分析。

服務(wù)類別：	芯片與生物信息學(xué)	總訪問：	584
最后更新：	2015-1-8	半年訪問：	2
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服務(wù)商：浙江歐勝生物科技有限公司

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服務(wù)介紹
公司簡介

一、簡介

近年來，生物信息學(xué)在生命科學(xué)研究中起著越來越重要的作用。利用生物信息學(xué)對蛋白質(zhì)組的各種數(shù)據(jù)進(jìn)行處理和分析，也是蛋白質(zhì)組研究的重要內(nèi)容。生物信息學(xué)是蛋白質(zhì)組學(xué)研究中不可缺少的一部分。生物信息學(xué)的發(fā)展，已不僅是單純的對基因組、蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)的分析，而且可以對已知的或新的基因產(chǎn)物進(jìn)行全面分析。在蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫中儲存了有機(jī)體、組織或細(xì)胞所表達(dá)的全部蛋白質(zhì)信息，通過用鼠標(biāo)點(diǎn)擊雙向凝膠電泳圖譜上的蛋白質(zhì)點(diǎn)就可獲得。

二、服務(wù)內(nèi)容

（一）生物統(tǒng) 計(jì) 分析

1、表達(dá)模式挖掘作圖

應(yīng)用于所有物種，在多樣品或者多時間點(diǎn)的動態(tài)實(shí)驗(yàn)中根據(jù)蛋白或基因表達(dá)值發(fā)掘表達(dá)模式并進(jìn)行歸類

2、層次聚類分析

所有物種根據(jù)蛋白的表達(dá)情況進(jìn)行歸類分析

3、主成分分析（PCA）

所有物種，在多樣品或者多時間點(diǎn)的動態(tài)實(shí)驗(yàn)中根據(jù)蛋白或基因表達(dá)值對樣品進(jìn)行分類分析

（二）生物數(shù) 據(jù) 查詢

1、模式生物數(shù)據(jù)映射--非模式生物

將非模式生物的數(shù)據(jù)與相應(yīng)的模式生物數(shù)據(jù)進(jìn)行匹配，獲得所對應(yīng)的模式生物的蛋白或者基因識別號以便進(jìn)行深入數(shù)據(jù)分析

2、數(shù)據(jù)庫功能查詢--以模式生物為主

通過IPI號碼或者SP號碼批量查詢蛋白的染色體定位、細(xì)胞定位、GO功能、蛋白互作、修飾及參與的Pathwway通路信息

3、數(shù)據(jù)識別號轉(zhuǎn)換--模式生物

實(shí)現(xiàn)NCBI、Swiss-prot、EBI等不同數(shù)據(jù)庫之間識別號的轉(zhuǎn)換，最少兩種識別號

（三）組學(xué)生物信息學(xué)

1、蛋白序列分析--所有物種

針對一些功能信息不夠豐富的蛋白，可以通過序列分析了解預(yù)測其功能和理化性質(zhì)，包括跨膜區(qū)域預(yù)測、蛋白定位、蛋白分泌、翻譯后修飾、等電點(diǎn)、分子量、疏水性等

2、COG分析--所有物種

對蛋白的功能進(jìn)行分析

3、染色體定位分析--模式生物

已知蛋白的鑒定號，批量調(diào)取蛋白定位信息，并圖示化。

4、GO富集與作圖--模式生物

富集基因或蛋白的GO信息并采用餅圖或者柱型圖的方式進(jìn)行展示。

5、蛋白互作網(wǎng)絡(luò)分析-模式生物

通過蛋白的差異譜或?qū)嶋H鑒定譜，可以在各種相互作用數(shù)據(jù)庫中找到對應(yīng)的相互作用蛋白，并構(gòu)畫出相互作用網(wǎng)絡(luò)

6、Pathway通路分析--模式生物

將蛋白mapping到相應(yīng)的代謝通路中，并給出mapping的圖示結(jié)果及統(tǒng)計(jì)學(xué)結(jié)果，數(shù)據(jù)來源以KEGG為主，同時還可能包括BIOCARTA和Protein Lounge

7、蛋白家族進(jìn)化樹構(gòu)建--所有物種

8、蛋白亞家族間功能特異位點(diǎn)分析--所有物種

9、IPA分析--模式動物

采用IPA軟件根據(jù)實(shí)際數(shù)據(jù)對疾病分子相關(guān)網(wǎng)絡(luò)通路分析，還可以在此基礎(chǔ)上構(gòu)建自己的網(wǎng)絡(luò)和通路

10、轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測分析--模式生物

分析一組蛋白所涉及的轉(zhuǎn)錄因子

（四）蛋白質(zhì)分析

1、蛋白序列保守位點(diǎn)分析--所有物種

2、蛋白3D結(jié)構(gòu)模擬--所有物種

3、蛋白表位分析-所有物種

4、蛋白翻譯后修飾預(yù)測--所有物種

5、蛋白結(jié)構(gòu)分析--所有物種

6、蛋白基本性質(zhì)分析--所有物種

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