整合了染色質免疫共沉淀與高通量測序技術
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真核生物的基因組以染色質的形式存在,染色質是由DNA和蛋白質組成的復合物,研究DNA和蛋白質在染色質形式下的相互作用對于闡明真核生物的基因表達機制具有重要意義。
染色質免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation, ChIP)是研究蛋白質與DNA相互作用的經典實驗方法,廣泛的應用于組蛋白特異性修飾位點、轉錄因子結合位點等的研究。
隨著新一代測序技術的成熟與發展,整合了染色質免疫共沉淀與高通量測序技術的ChIP-Seq,是繼ChIP-Chip之后,蛋白質與DNA相互作用研究的又一技術突破。
ChIP-Seq采用特異抗體對目的蛋白進行免疫沉淀,分離與目的蛋白結合的基因組DNA片段,對其進行純化和文庫構建,再通過高通量測序的方法,在全基因組范圍內尋找目的蛋白的DNA結合位點,從而獲得全基因組范圍內與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA片段信息。
全基因組覆蓋:與ChIP-chip相比,ChIP-Seq可在全基因組范圍對蛋白結合位點進行篩選與鑒定。 ●高靈敏度:每個樣本可獲得數百萬條的序列標簽,可發現研究基因組上稀有的蛋白結合位點。 ●高精確率:可獲得高水平的信噪比數據,準確區分真實事件與噪音,精確定位蛋白結合位點。 ●高性價比:僅需較少的數據量即可鑒定全基因組范圍內的結合位點,且花費僅為全基因組ChIP-chip的1/30~1/10
信息分析流程: