Chip-Seq的原理是：首先通過染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（Chip）特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA片段，并對其進行純化與文庫構(gòu)建，然后對富集得到的DNA片段進行高通量測序。研究人員通過將獲得的數(shù)百萬條序列標(biāo)簽精確定位到基因組上，從而獲得全基因組范圍內(nèi)與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的DNA區(qū)段信息。

基本分析 對測序結(jié)果進行圖像識別（ Base calling ），去除污染及接頭序列；統(tǒng)計結(jié)果包括：測定的序列（ Reads ）長度、 Reads 數(shù)量、數(shù)據(jù)產(chǎn)量。   高級分析  1)ChIP-Seq 序列與參考序列比對；  2) Peak calling ：統(tǒng)計樣品 Peak 信息（峰檢測及計數(shù)、平均峰長度、峰長中位數(shù)）；  3) 統(tǒng)計樣品 Uniquely mapped reads 在基因上、基因間區(qū)的分布情況及覆蓋深度；  4) 給出每個樣品 Peak 關(guān)聯(lián)基因列表及 GO 功能注釋； 5) 在多個樣品間，對與 Peak 關(guān)聯(lián)基因做差異分析。

由于 ChIP-Seq 的數(shù)據(jù)是 DNA 測序的結(jié)果，為研究者提供了進一步深度挖掘生物信息的資源，研究者可以在以下幾方面展開研究：

1) 判斷 DNA 鏈的某一特定位置會出現(xiàn)何種組蛋白修飾；

 2) 檢測 RNA polymerase II 及其它反式因子在基因組上結(jié)合位點的精確定位；

 3) 研究組蛋白共價修飾與基因表達(dá)的關(guān)系； 

 4) CTCF 轉(zhuǎn)錄因子研究。

 

百邁客生物(BioMarker)成立于2009年5月，是一家高新技術(shù)企業(yè)，公司基于功能基因組學(xué)的BT+IT(高通量基因測序技術(shù)、生物信息技術(shù)、高性能生物云計算技術(shù))技術(shù)，拓展出了高通量測序、生物云平臺、質(zhì)譜檢測、智能制造四大業(yè)務(wù)板塊；擁有以博士和碩士為主體的研發(fā)、生產(chǎn)團隊；公司自成立以來，注重創(chuàng)新發(fā)展，科研成果成果層出不窮，先后在《Nature》、《Cell》、《Nature Genetics》、《Advanced Science》、《Nature Communications》等國際著名期刊上發(fā)表高質(zhì)量合作文章近千篇，累計影響因子超過4500分。擁有國家發(fā)明專利技術(shù)60余項，軟件著作權(quán)近200項。公司擁有Illumina、PacBio、Nanopore、BioNano、AB SCIEIX QTRAP, Waters Q-TOF等全面的測序平臺，滿足科研工作者多種科研需求，努力打造基因產(chǎn)業(yè)國際一流企業(yè)，“為世界創(chuàng)造新的可能！”