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基于SLAF-seq技術的多態性圖譜
獲得大量有序列的分子標記,直接構建物種的分子標記指紋數據庫,建立物種分子鑒定平臺。為后續研究打下基礎。
服務類別:測序/合成總訪問:864
最后更新:2013-8-26半年訪問:2
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  • 公司簡介
技術應用范圍

應用目標:獲得大量有序列的分子標記,直接構建物種的分子標記指紋數據庫,建立物種分子鑒定平臺。為后續研究打下基礎。

目前沒有基因組參考序列,無法通過重測序等手段高效定義多態性的物種。如小麥、棉花、油菜、辣椒、魚類、對蝦、花卉、林木、大麥、藥用植物等。
已有或即將有全基因組參考序列,利用重測序尋找多態性對成本要求過高的物種。如玉米、大豆、水稻、甘藍、白菜、高粱、黃瓜、西瓜、馬鈴薯、煙草、番茄、擬南芥等物種。
研究對象及條件
擁有2個以上具有表型差異的個體材料,個體間差異越大越有利于找出更多的多態性分子標記。該技術尤其適用于骨干親本的遺傳差異鑒定。
針對構建臨時(如F2分離群體)或永久群體(如重組自交系、近等基因系、雙單倍體系、回交近交系等)的父、母本材料進行多態性分析,可以利用找出的多態性標記到群體里進行與目標性狀的關聯性分析。

項目開發方案

根據標記密度和標記測序深度等開發需求的不同,設計了3種方案,詳細內容如下表所示。根據不同的研發需求可以制定個性化方案。

項目資源要求
標準解決方案
推薦解決方案
深入解決方案



個體
 
≥2
≥2
≥2
親本多態性
 
/
/
/
群體大小
 
/
/
/
適用群體類型
 
遺傳群體和自然群體
性狀分離
 
/
/
/
區分個體
 



親本標簽測序深度
 
/
/
/
個體標簽平均測序深度
 
5x
5x
5x
總體標簽測序深度
 
5x
5x
5x
標簽個數
 
50,000
100,000
200,000
基于SLAF-seq技術的多態性圖譜繪制方案
項目開發時間

整體計劃3個月完成分子標記開發及多態性圖譜繪制,具體時間規劃如下表所示。根據物種的不同開發時間會稍有不同。

基于SLAF-seq技術的多態性圖譜繪制開發時間

技術路線
基于SLAF-seq技術的多態性圖譜繪制技術路線示意圖

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