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全基因組關聯(lián)分析
應用目標:選取該物種1000個以上重要種質(zhì)資源進行全基因組分子標記開發(fā),篩選與重要農(nóng)藝性狀緊密關聯(lián)的候選區(qū)域,同時可以進行該物種遺傳結構分析。
服務類別:測序/合成總訪問:1231
最后更新:2013-8-26半年訪問:3
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應用目標:選取該物種1000個以上重要種質(zhì)資源進行全基因組分子標記開發(fā),篩選與重要農(nóng)藝性狀緊密關聯(lián)的候選區(qū)域,同時可以進行該物種遺傳結構分析。

已有或即將有全基因組參考序列的物種。如玉米、大豆、水稻、甘藍、白菜、高粱、黃瓜、西瓜、馬鈴薯、番茄、擬南芥、豬、牛、雞、兔子等物種。
從目標物種自然變異群體中選取核心種質(zhì),原則為:覆蓋盡可能廣的地域(不同環(huán)境及生長條件),盡可能多的農(nóng)藝性狀,盡可能全的品系(野生種、半野生種、栽培種等)。
利用單元型區(qū)域進行種質(zhì)資源挖掘的研究思路
構建目標物種系統(tǒng)發(fā)育樹

基于多態(tài)性分子標記定義目標物種不同品種間的親緣關系,繪制物種系統(tǒng)發(fā)育樹來研究其演化過程。

群體進化樹:每個節(jié)點代表一個或幾個個體,枝長代表進化距離。
單體型預測

根據(jù)連鎖不平衡理論,對所有品種中共同遺傳而很少重組的區(qū)域進行預測,通過LD分析,定義單體型。

LD圖譜:橫向為各個多態(tài)性位點在基因組上對應的位置,通過計算兩兩間的連鎖不平衡率,定義單體型。
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