功能分類PCR芯片技術服務

    功能分類基因芯片是生物學通路研究的重要工具。這種芯片將微列陣技術與特定生物學通路（specific biological pathways）的最新知識有機結合, 可以大大縮短發現診治各種疾病的生物學標志物(biomarkers)的時間。芯片上的基因包括了那些與研究對象有確定關系的基因，或至少是與研究對象的關系有待考證的基因。如果研究對象是某一生物學通路的基因，則使用針對該類基因的功能分類基因芯片比使用高密度表達譜芯片更加有效便利。
   美國SABiosciences公司（原SuperArray公司）設計了超過100種功能分類芯片，涵蓋生命科學研究的各個領域，在國際上處于領先地位。 其開發的第二代功能分類基因芯片（Real-time PCR芯片），可在一次實驗中準確檢測上百個基因的mRNA水平，并且將檢測精度提高到與實時定量PCR相當的水平。功能分類PCR芯片：靈敏度高，樣品的使用量低，每張芯片使用的總RNA最少可為0.5ng；可觀察到的動態線性范圍超過105，可以同時檢測表達量差異較大的基因；重復性高，Ct值的平均差異只有0.25個循環；分辨率高，可檢測超過兩倍的基因表達量變化；特異性好，PCR擴增產物條帶單一。SABiosciences公司設計了超過100種功能分類PCR芯片，涵蓋生命科學研究的各個領域，詳情請見后頁列表。
    SABioscienses還提供芯片定制服務（Custom PCR Arrays）。定制PCR芯片是根據不同研究需要量身定做的PCR芯片。定制PCR芯片被廣泛應用于基因表達譜結果驗證及特定信號通路的研究等。同時，它還特別適合于大樣本的生物學標記物研究，無論這些生物學標志物是來自于研究者的前期研究成果、各種文獻報道、還是表達譜芯片篩選的結果，SA Biosciences都能夠靈活設計出符合需要的定制PCR芯片，獲得高精確性、高靈敏度，高重復性的實驗結果，縮短生物學標志物篩選的進程。
 

SABioscienses功能分類PCR芯片優點
※ 靈敏度高：樣品的使用量低，每張芯片使用的總RNA最少可為0.5ng；
※ 動態線性范圍超過105：可以同時檢測表達量差異較大的基因；
※ 重復性高：Ct值的平均差異只有0.25個循環；
※ 分辨率高：可檢測超過兩倍的基因表達量變化；
※ 特異性好：PCR擴增產物條帶單一。
※ 數據全面、可靠：芯片包含的基因來自公共權威數據庫、權威綜述和相關文獻挖掘
※ 覆蓋度高：SABiosciences公司設計了超過200種功能分類PCR芯片，涵蓋生命科學研究的各個領域（詳見列表）。
※ 對照全面：5個管家基因，1個基因組DNA對照（GDC），3個反轉錄對照（RTC）和3個PCR對照（PPC）

康成生物功能分類PCR芯片主要實驗流程
1.樣品RNA抽提
   a. 實驗對象為組織樣品，取適量（50-100mg）新鮮組織樣品或正確保存的組織樣品，使用BioPulverizerTM冰凍粉碎組織，加1ml的RNA抽提試劑TRIzol（Invitrogen），使用Mini- Bead-Beater-16勻漿后抽提RNA。
   b. 實驗對象為細胞樣品，每份樣品取1×106～1×107細胞，加1ml的RNA抽提試劑TRIzol（樣品為貼壁細胞，每10cm2培養皿TRIzol使用量為1ml），裂解后抽提RNA。
2.DNase I 消化RNA樣品
   DNase I在 370溫育處理RNA樣品，去除RNA抽提過程中可能混入的的基因組DNA。
3.RNA純化
   RNeasy® MinElute™ 純化試劑盒（Qiagen）對DNase I處理的RNA樣品純化回收，已得到單純的RNA樣本。
4.RNA質量檢測
   a)  使用Nanodrop測定RNA 在分光光度計260nm、280nm和230nm的吸收值，以計算濃度并評估純度。
   b) 用甲醛電泳試劑進行變性瓊脂糖凝膠電泳，檢測RNA純度及完整性。
   c)  提供RNA QC報告。
5.cDNA合成
   按照逆轉錄酶（Invitrogen或Promega）使用說明將樣品RNA逆轉錄為cDNA (根據樣品RNA質量選用oligo dT或隨機引物)。
6.實時定量PCR
    按照芯片說明將cDNA模板適當稀釋后加入到實時定量PCR反應混合液中，然后再含有基因特異性引物的96孔板各孔中加入等量反應液，進行實時定量PCR反應。
7.數據分析
    利用配套軟件計算PCR芯片中的各個基因的Ct值，采用公認的DDCt方法比較基因的表達變化。
    a. 計算每個處理組中的每個通路相關基因的ΔCt 。
    ΔCt(Ctrl) = average Ct – average of HK genes’ Ct for Ctrl array
    ΔCt (Exp) = average Ct – average of HK genes’ Ct for Exp array
    b. 計算2個PCR Array中每個基因的ΔΔCt。
    ΔΔCt = ΔCt (Exp) - ΔCt (Ctrl)
    c. 通過2-ΔΔCt計算Exp（實驗組）與Ctrl（對照組）間基因的表達差異。
8.提供實驗報告
    Gene table（96孔板個基因列表）
    Excel芯片結果匯總表（包括芯片原始結果、數據分析和各種圖表）

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上海康成生物工程有限公司自2002年起專注于生物科研技術服務，是國內最早一批專業提供生命科學前沿研究技術服務的高科技企業。為進一步拓展在醫學科研服務領域業務的深度和廣度，向多譜領域發展，重塑品牌 Aksomics（數譜生物）。Aksomics全面整合公司在非編碼RNA（lncRNA、circRNA、small RNA等）、表觀遺傳學、蛋白組學等檢測方向的核心技術，依靠自身優秀的研發、技術、營銷和服務團隊，憑借國際領先的技術平臺和高標準的質控體系，形成了涵蓋表觀基因組學、轉錄組學、蛋白質組學及代謝組學等各個研究領域的一站式技術平臺。

【表觀基因組學】 DNA甲基化芯片、DNA羥甲基化芯片、染色質免疫共沉淀芯片、DNA甲基化測序、DNA羥甲基化測序、染色質免疫共沉淀測序、MeDIP-PCR、hMeDIP-PCR、ChIP-PCR等

【轉錄組學】LncRNA芯片、LncPath™芯片、環狀RNA芯片、T-UCR芯片、microRNA芯片、piRNA芯片、全基因組表達譜芯片、RNA測序、RNA m6A甲基化測序、small RNAs測序系列（microRNA測序、tRF&tiRNA測序、snoRNA測序、piRNA測序等）、LC-MS tRNA修飾檢測、 nrStar™ ncRNA PCR芯片（tRF&tiRNA，tRNA，snoRNA，Functional LncRNA）、miRStar™癌癥特異性microRNA PCR芯片、NuRNATM mRNA PCR芯片、功能分類PCR芯片、LncRNA實時定量PCR、環狀RNA實時定量PCR、tRF&tiRNA實時定量PCR、microRNA實時定量PCR、mRNA實時定量PCR

【蛋白組學平臺】TMT標記定量蛋白組學服務、Lable-free定量蛋白組學服務、磷酸化修飾蛋白組學服務、泛素化修飾蛋白組學服務、N-糖基化修飾蛋白組學服務、乙酰化修飾蛋白組學服務、蛋白-蛋白相互作用組學

【代謝組學】靶向代謝組學、非靶向代謝組學

【外泌體組學】外泌體轉錄組學、外泌體蛋白質組學、外泌體代謝組學
康成生物為Agilent、Arraystar、Exiqon、Illumina、Qiagen、Thermo Fisher等國際知名品牌提供技術服務。康成客戶采用各類技術服務發表的SCI論文已超560篇。康成生物將持續聚焦生命科學發展的挑戰，提供有競爭力的產品和服務，持續為客戶創造最大價值。

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