差異基因或蛋白的圈圖繪制

用circos進(jìn)行繪制, 并且將比值信息也用熱圖繪制在圈圖中。

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在組學(xué)研究的文章中，重要的差異表達(dá)基因或蛋白除了用表格的形式展示之外，常常還會(huì)用熱圖形式進(jìn)行展示。熱圖的優(yōu)勢(shì)是可以直觀的表示差異表達(dá)基因或蛋白在不同樣本的表達(dá)情況，并可選擇不同的算法進(jìn)行聚類(lèi)。有很多可免費(fèi)下載的軟件能夠進(jìn)行熱圖繪制，比如Mev, cluster3.0+treeview, HemI, R的heatmap、heatmap.2函數(shù)和pheatmap等，主流軟件的使用方法在我們上海生咨生物舉辦的蛋白質(zhì)組學(xué)研習(xí)班我們有詳細(xì)介紹。

用circos進(jìn)行繪制, 并且將比值信息也用熱圖繪制在圈圖中。圈圖的優(yōu)勢(shì)在于在周長(zhǎng)相同的情況下面積最小，也就說(shuō)能在同等面程的情況下顯示更多基因信息。以下是用測(cè)試數(shù)據(jù)繪制的示例圖：

示例圖1.Gene Name在最外面一圈，往里是六次重復(fù)實(shí)驗(yàn)經(jīng)過(guò)log2變換后的比值，再往里的線圖是經(jīng)過(guò)log2變換后的平均比值。這里沒(méi)有將p-value信息體現(xiàn)在圖中，如果需要也可以用單色heatmap track呈現(xiàn)。下面的legend是用Perl生成svg格式的legend圖。

示例圖2.將line plot區(qū)間減少了，在中間留了點(diǎn)空間，以便在中間加一些文字。

示例圖3.蛋白質(zhì)相互作用的關(guān)系畫(huà)在圖中.

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