PAG2015：Blue Pippin在咖啡基因組測序中的應(yīng)用
在2015年1月份美國圣地亞哥舉辦的植物和動(dòng)物基因組學(xué)大會(huì)（Plant and Animal Genome，PAG）上，咖啡基因組的研究成為熱點(diǎn)。來自哥倫比亞國家咖啡研究中心的科學(xué)家們提出一項(xiàng)新的計(jì)劃，鑒定分析咖啡基因組中的遺傳元件，用于幫助種植戶培育更好適應(yīng)氣候變化的新品種。
咖啡的產(chǎn)量最近幾年波動(dòng)很大，咖啡葉銹病在拉丁美洲流行，已造成超過10億美元的經(jīng)濟(jì)損失。科學(xué)家們認(rèn)為，是氣候變化造成咖啡作物對(duì)蟲害和病害愈發(fā)敏感。咖啡研究中心工作人員與PacBio公司合作，使用第三代測序技術(shù)對(duì)小果咖啡卡杜拉品種（Coffea arabica cv. Caturra）進(jìn)行長片段測序，已獲得60×的數(shù)據(jù)，并得到組裝后的基因組序列。
科學(xué)家們正計(jì)劃用另一種咖啡（C. eugenioides）基因組的高質(zhì)量測序數(shù)據(jù)驗(yàn)證得到的組裝結(jié)果。C. eugenioides 的測序數(shù)據(jù)是由Rohe454和illumina公司二代測序儀共同完成的。
科學(xué)家團(tuán)隊(duì)希望這項(xiàng)工作能夠極大提高對(duì)咖啡遺傳特性和基因組的認(rèn)識(shí)和理解，培育出更有抗性和更健康的咖啡作物品種。
科學(xué)家團(tuán)隊(duì)希望這項(xiàng)工作能夠極大提高對(duì)咖啡遺傳特性和基因組的認(rèn)識(shí)和理解，培育出更有抗性和更健康的咖啡作物品種。
以上測序研究工作使用到了美國Sage公司的Blue Pippin長片段基因組DNA回收系統(tǒng)，用于測序建庫工作。基因組測序組裝要求建庫階段拿到長度均一的DNA片段，用于下一步的測序工作。每次測序?qū)嶒?yàn)要求的DNA片段長度都有不同，根據(jù)模板、測序儀平臺(tái)以及具體實(shí)驗(yàn)要求等因素來確定，比如二代測序可能會(huì)要求片段長度控制在180bp、270bp、400bp、600bp不等，而三代測序則會(huì)要求片段長度更長，比如5kb、10kb、20kb等。傳統(tǒng)方法是使用切膠回收或者磁珠法回收特定大小的DNA片段，但其重復(fù)性、準(zhǔn)確性都不能充分滿足高通量測序的實(shí)驗(yàn)要求，影響實(shí)驗(yàn)效率、組裝結(jié)果，以及實(shí)驗(yàn)成本。美國Sage Science公司開發(fā)的Pippin系列全自動(dòng)核酸片段回收設(shè)備能夠有效解決這些問題，并已有大量的文獻(xiàn)驗(yàn)證。Sage公司現(xiàn)已開發(fā)出四款產(chǎn)品：Pippin Prep、Blue Pippin、Sage ELF、Pippin HT，用以滿足不同類別客戶的需求。在歐美，Pippin系列設(shè)備已逐漸成為測序?qū)嶒?yàn)室標(biāo)準(zhǔn)配置，并被illumina、Lifetech、PacificBio的測序儀生產(chǎn)廠家直接推薦。在國內(nèi)，Sage設(shè)備也已開始大量裝備各級(jí)別測序?qū)嶒?yàn)室，廣受客戶歡迎。
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環(huán)亞生物科技有限公司（APG Bio Ltd.）是Sage Science公司全線產(chǎn)品的中國區(qū)獨(dú)家總代理（包含香港等區(qū)域），負(fù)責(zé)產(chǎn)品的市場推廣、技術(shù)支持、售后服務(wù)、試劑盒供應(yīng)等工作，全力支持中國客戶提升測序工作效率。
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