研究人員利用454全基因組測序有效追蹤肺結(jié)核疫情傳播
利用454技術(shù)進行結(jié)核桿菌全基因組測序有效追蹤疫情傳播
眾所周知，肺結(jié)核多數(shù)是由結(jié)核分枝桿菌感染肺部引起的肺部感染性疾病，已成為一個嚴重威脅人類健康的疾病。世界衛(wèi)生組織（WHO）統(tǒng)計表明，全世界每年發(fā)生結(jié)核病800～1000萬，每年約有300萬人死于結(jié)核病，是造成死亡人數(shù)最多的單一傳染病。1993年WHO宣布“全球結(jié)核病緊急狀態(tài)”，認為結(jié)核病已成為全世界重要的公共衛(wèi)生問題。我國是世界上結(jié)核疫情最嚴重的國家之一。然而細菌也一直處于不斷突變及進化的過程中，要對癥下藥就需要知道細菌的準確分型。傳統(tǒng)的細菌分型技術(shù)僅針對細菌的某幾個基因進行檢測，在傳染病疫情爆發(fā)時往往缺乏更具體的信息，于是在全基因組測序費用不斷下降的現(xiàn)在，研究者們也在嘗試用新一代的檢測技術(shù)對細菌進行分型，以發(fā)現(xiàn)傳染病爆發(fā)的傳播模式和幾率。
近期，據(jù)《PLoS Medicine》雜志報道，有研究者們利用454技術(shù)對86例人結(jié)核分枝桿菌進行了全基因組測序，并與傳統(tǒng)分型技術(shù)結(jié)果進行了比較。這86例細菌是從1997年和2010年兩次爆發(fā)的2301個結(jié)核病患者身上分離出來的。通過新一代測序技術(shù)的檢測結(jié)果，研究者們表示，全基因組測序法揭示了第一次結(jié)合爆發(fā)所分離的人結(jié)核分枝桿菌不屬于最近爆發(fā)的結(jié)合桿菌傳播鏈，另外通過計算估計出人結(jié)核分枝桿菌每2.5年會發(fā)生1個發(fā)生突變，這表明細菌在感染的人群中倍增的時間為22小時或每年400代，因此，只有通過全基因組測序進行細菌分型才能夠提供準確的關(guān)于結(jié)核分枝桿菌爆發(fā)的相關(guān)流行病信息。
參考文獻：Roetzer A, Diel R, Kohl TA, Ru¨ckert C, Nu¨bel U, et al. (2013) Whole Genome Sequencing versus Traditional Genotyping for Investigation of aMycobacterium tuberculosisOutbreak: A Longitudinal Molecular Epidemiological Study. PLoS Med 10(2): e1001387. doi:10.1371/journal.pmed.1001387
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