羅氏454測序應(yīng)用于HBV耐藥性突變檢測
454測序應(yīng)用于HBV耐藥性突變檢測
HBV(Hepatitis B Virus)乙型肝炎是一種基因組長約3.2kb，部分雙鏈環(huán)狀DNA病毒。我國的乙肝病毒感染率約60%-70%，乙肝表面抗原攜帶率約占總?cè)丝诘?%，以此計(jì)算，全國約有9300萬人攜帶乙肝病毒，其中乙肝患者大約有3000萬。由于HBV很容易變異，即基因突變，這個(gè)特性給診斷和治療帶來許多麻煩。一旦HBV突變產(chǎn)生了耐藥性位點(diǎn)，就需要根據(jù)已產(chǎn)生的耐藥情況進(jìn)行換藥，因此HBV的耐藥性檢測也變得十分重要。目前，傳統(tǒng)直接測序已成為HBV耐藥性檢測的主要手段。然而這樣的方法無法進(jìn)行連鎖突變分析。目前，韓國的研究者們利用454測序平臺(tái)對30個(gè)乙肝患者進(jìn)行了深度測序1，通過對每個(gè)患者的HBV樣本進(jìn)行平均1700倍的深度測序后，這種技術(shù)檢測到了一些直接測序未檢測到的突變位點(diǎn)，突變率從1.1%到23.8%不等，此外還在基因組上發(fā)現(xiàn)一些與耐藥位點(diǎn)連鎖出現(xiàn)的其它突變位點(diǎn)。
研究者們認(rèn)為，利用454測序技術(shù)來進(jìn)行HBV耐藥檢測不僅具有很好的的敏感性與準(zhǔn)確性，還可以對突變位點(diǎn)進(jìn)行連鎖關(guān)系分析，這種方法對HBV抗病毒治療可以起到解釋和預(yù)測的作用。
1. Ko, S.-Y., Oh, H.-B., Park, C.-W., Lee, H. C. and Lee, J.-E. (2012), Analysis of hepatitis B virus drug-resistant mutant haplotypes by ultra-deep pyrosequencing. Clinical Microbiology and Infection, 18: E404–E411. doi: 10.1111/j.1469-0691.2012.03951.x
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