● 聚焦于功能性的表觀遺傳敏感區域: Arraystar精心設計的表觀遺傳系列芯片聚焦于蛋白編碼基因/非編碼RNA的啟動子區域,或是癌癥相關的Block以及DMR區域;能夠幫助研究者快速、準確地了解這些疾病敏感位點的表觀修飾變化。
● 專為MeDIP/hMeDIP-chip以及ChIP-chip設計: 可用于 DNA甲基化/DNA羥甲基化,組蛋白修飾,轉錄因子結合以及染色質重塑等表觀遺傳學研究。
● 可信賴的檢測平臺及數據結果:優化的IP步驟,抗體富集效率高,特異性好;高效熒光標記及雙通道檢測系統;卓越的芯片質量以及技術重復性。
● 與表達譜芯片平臺的聯合應用:可與Arraystar LncRNA Expression Microarray聯合應用分析表觀對基因表達的調控。
★ 聚焦蛋白編碼基因啟動子或非編碼RNA啟動子區域
基因啟動子區是表觀遺傳修飾的研究重點。啟動子區域DNA甲基化、DNA羥甲基化以及組蛋白修飾精細地調控基因的表達。除了蛋白編碼基因,長鏈非編碼RNA(lncRNA)及miRNA在基因組中廣泛轉錄,某些lncRNA表達的細胞特異性和組織特異性甚至高于蛋白編碼基因,而表觀調控正是這些lncRNA和miRNA表達特異性的基礎。
Arraystar啟動子芯片是專門為研究啟動子區域的DNA甲基化/羥甲基化、組蛋白修飾以及轉錄因子結合而設計的產品,覆蓋所有Refseq數據庫基因的啟動子區域(Arraystar Refseq Promoter Array)或是所有長鏈非編碼RNA以及重要miRNA的啟動子區(Arraystar ncRNA Promoter Array),能夠滿足不同研究者的需求。Tilling探針設計覆蓋范圍近2kb啟動子區域(圖1),同時涵蓋啟動子區附近的CpG島,是一款高品質、高性價比的表觀芯片產品。
圖1. 啟動子芯片檢測范圍及應用
★ 聚焦癌癥特異性大規模表觀遺傳變化區域
最新研究表明:多種癌癥中普遍存在著一些連續的大范圍低甲基化區間(block)。癌癥中95%的DNA甲基化改變都發生在這些區域。Block的長度在5kb到10M之間,長度中位值為28kb。與傳統認識不同,這些block區域富含基因,包含了約整個基因組的1/3的基因轉錄起始位點。此外,這些低甲基化block與包括LADs*和LOCKs*在內的異染色質區域存在很大重疊,表明癌癥中的甲基化變化與染色質結構改變之間存在很大的關聯性。而且相對于正常組織,這些區域不僅整體DNA甲基化水平下降;它們在不同腫瘤樣品中的甲基化水平變化更加劇烈。這種個體間甲基化水平的劇烈波動可能是癌癥重要特征——腫瘤異質性——的深層分子機制,并與癌癥的發生、發展密切相關。
注:*LADs:與核纖層蛋白結合的DNA區域;*LOCKs:富含抑制性組蛋白修飾(H3K9二甲基化)的染色質區域。
Arraystar Human Cancer Block芯片是專門為研究癌癥相關的block區域而設計的產品。可檢測block區域中蛋白編碼基因,lncRNA及microRNA轉錄區域的DNA甲基化、組蛋白修飾以及轉錄因子結合的變化。
圖2. 癌癥樣品低甲基化block中表達水平變化劇烈的26個基因。腫瘤組織中(紅色)個體間表達變化范圍大于正常樣品(藍色)
★ 聚焦癌癥特異性小范圍DNA甲基化變化區域
癌癥中除了低甲基化的長區間(block)還存在許多長度小于5kb的特征性甲基化區域(Cancer-specific DMRs)。目前已發現超過1萬個的癌癥特異性DMR區域。在癌癥中,高甲基化主要發生在CpG島(~5,800),低甲基化主要發生在CpG島邊緣、上下游2kb范圍的,稱為CpG島岸的區域(~4,000)。這些區域是癌癥甲基化變化的敏感位點,可根據甲基化界限的變化類型分成四類:當甲基化邊界向CpG島外部移動(a),CpG島岸發生低甲基化;當甲基化邊界向CpG島內部移動或消失(b,c)時,CpG島超甲基化; 此外還有去甲基化形成新的低甲基化區域(d)。癌癥中甲基化界限的漂移與關鍵基因的表達改變密切相關。
Arraystar Cancer-specific DMR芯片是專門為研究癌癥相關的差異甲基化區域而設計的產品。覆蓋12113個癌癥及細胞特異性的甲基化差異敏感區域以及相關的CpG島和CpG島岸。Arraystar Cancer-specific DMR芯片不僅能檢測到樣品間的甲基化變化還能幫助了解其中的CpG島甲基化界限漂移,以全新的視角研究腫瘤表觀組學。
圖3. DMR區域喪失甲基化穩定性的模式。圖中橫軸代表基因組特定區域,縱軸代表相應位點的甲基化程度,藍色的線代表正常樣品,紅線代表癌癥樣品,DMRs區域用粉紅色的背景標記。癌癥相關的甲基化變化可以分為四類主要的模式:(a)甲基化邊界外移;(b)甲基化邊界內移;(c)甲基化邊界消失;(d)通過去甲基化形成的新的DMR區域。
★ 芯片參數