羅氏RNA序列捕獲最新出爐文獻盤點（上）
上周末，一篇利用對lncRNA的捕獲測序進行癌癥研究的文章吸引了大家的眼球。其實這種針對lncRNA的捕獲測序，正是利用羅氏NimbleGen最新上市的產(chǎn)品SeqCap RNA序列捕獲探針庫實現(xiàn)的。SeqCap RNA與傳統(tǒng)外顯子捕獲測序方法幾乎完全相同，然而當被捕獲的文庫從基因組變成了轉(zhuǎn)錄組，則可發(fā)現(xiàn)許多轉(zhuǎn)錄本可變剪切信息以及一些低豐度的轉(zhuǎn)錄本。
現(xiàn)在就讓我們共同盤點一下關(guān)于SeqCap RNA捕獲技術(shù)的幾篇相關(guān)文獻：
1. Nat Biotechnol. 2011 Nov 13;30(1):99-104. doi: 10.1038/nbt.2024. Targeted RNA sequencing reveals the deep complexity of the human transcriptome. Mercer TR1, Gerhardt DJ, Dinger ME, Crawford J, Trapnell C, Jeddeloh JA, Mattick JS, Rinn JL.
2011年，SeqCap RNA產(chǎn)品還未上市，就有研究者利用SeqCap外顯子捕獲產(chǎn)品對轉(zhuǎn)錄組序列進行了捕獲測序。研究者們發(fā)現(xiàn)，通過這種捕獲測序分析目標區(qū)域轉(zhuǎn)錄組的方法，可以鑒定出傳統(tǒng)測序方法無法檢測到的稀有的轉(zhuǎn)錄本，而且不會影響文庫多樣性或引入PCR擴增誤差。此外，RNA 捕獲測序還可以檢測出未注釋的外顯子以及廣泛研究蛋白編碼位點。RNA 捕獲測序的方法在目標區(qū)域有380倍富集效果，而傳統(tǒng)RNA-seq方法需要100億乘測序深度才能達到相同覆蓋度。在捕獲和測序前后，原始樣本基因表達譜仍維持著高保真性，對實現(xiàn)樣本定量分析有著巨大研究和臨床應(yīng)用價值。
2. Nat Protoc. 2014 May;9(5):989-1009. doi: 10.1038/nprot.2014.058. Epub 2014 Apr 3. Targeted sequencing for gene discovery and quantification using RNA CaptureSeq. Mercer TR1, Clark MB2, Crawford J3, Brunck ME4, Gerhardt DJ5, Taft RJ6, Nielsen LK4, Dinger ME7, Mattick JS7.
這篇文章詳細闡釋了利用羅氏NimbleGenSeqCap EZ Choice 探針捕獲cDNA后測序的方法。作者認為：與全轉(zhuǎn)錄組RNA-Seq相比，RNA 捕獲測序是一個更加高效的對基因表達進行定性定量研究的方法。RNA 捕獲測序的方法除了能準確保留除高表達的基因外的其他基因在原來RNA樣本中的相對表達豐度，在樣本制備的過程中還可以引入混樣（multiplex）的操作方法來提高捕獲效率，由此試劑成本可也大大降低。
3. J MolDiagn. 2014 Jul;16(4):440-51. doi: 10.1016/j.jmoldx.2014.03.004. Epub 2014 May 9. cDNA hybrid capture improves transcriptome analysis on low-input and archived samples. Cabanski CR1, Magrini V2, Griffith M2, Griffith OL1, McGrath S3, Zhang J1, Walker J3, Ly A3, Demeter R3, Fulton RS3, Pong WW4, Gutmann DH5, Govindan R1, Mardis ER6, Maher CA7.
本文比較了RNA-seq和RNA捕獲測序方法對鮮凍樣本和FFPE樣本進行實驗的結(jié)果。實驗發(fā)現(xiàn)臨床新鮮冷凍（FF）和FFPE樣本用RNA捕獲可以優(yōu)化測序結(jié)果：提高FFPE樣本單核苷酸（SNVs）核實率；標準化測序數(shù)據(jù)后，RNA提供更多數(shù)據(jù)量支持每個基因融合；克服由于甲醛固定引起RNA降解表達水平檢測障礙和確定低起始量基因表達水平，起始量可低至10ng；盡管有額外的序列捕獲步驟，但是考慮到可以增加可用測序數(shù)據(jù)，cDNA捕獲花費仍比RNA-Seq的少50%。RNA捕獲提供了更均一和更全面的覆蓋率，這對于從低含量量樣本中得到足夠的覆蓋深度有著較大優(yōu)勢，同時最大化珍貴臨床樣本轉(zhuǎn)錄組檢測信息利用率。
篇幅有限，我們下期再一起學(xué)習RNA序列捕獲技術(shù)的相關(guān)研究，下周見~：）
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