羅氏即將推出靶向RNA-Seq產品 還原不同豐度RNA表達
別讓你的reads再做布朗運動了
—羅氏RNA序列捕獲還原真實不同豐度RNA表達！
近年來，遺傳變異通過表達水平的改變從而影響癌癥、糖尿病、心臟病等復雜疾病的發病日益受到研究者的重視。與之相關的全轉錄組分析也越來越成為研究熱點。
常規的RNA測序（RNA-seq）能檢測基因的表達豐度，檢測未注釋的基因，以及由于剪切而形成的復雜的基因亞型。然而由于轉錄本的表達豐度寬泛的動態范圍，小部分高表達的轉錄本占據了細胞里大部分的RNA分子，因此在RNA測序的結果里，微量表達的轉錄本reads覆蓋度往往不夠，這使得后續的數據分析想要準確的拼接這些轉錄本或是對其定量簡直難上加難。
圖1：傳統RNA-Seq面臨的挑戰：少部分高表達的基因占據了測序數據中的絕大多數reads，而感興趣的目的基因如果屬于低表達基因，其reads量則在測序數據里所占的比例少得可憐。
近日，由FDA牽頭的旨在評估RNA-seq準確性、可重復性及信息量的測序質量控制項目（SEQC/MAQC-III）初步結果發表，為評估RNA-seq數據分析提供了寶貴的資源，同時也讓人們看到了RNA-seq的短板：對于低表達量的基因，測序結果可重復性低，想要測到這些基因，只能增大測序深度；原本被人們認為是RNA-seq檢測優勢的可變剪切的檢測，由于覆蓋junction的Reads太少而變得不靠譜；對于新剪切位點的發現，評估結果顯示測得越多，發現的越多，測到1.2Tb reads時仍舊沒有盡頭……1
對于SEQC項目暴露出的RNA-Seq的局限我們并非束手無策，利用靶向RNA-seq能完美的解決以上困擾。對感興趣的目的基因相關RNA進行靶向捕獲后再測序，能夠極大的增加測序覆蓋度，由此大大提高基因檢測的靈敏度、定量能力以及對于微量表達的轉錄本的拼接能力。
加爾文研究所（Garvan Institute）的Tim Mercer以及John Mattick近期在Nature Protocol上發表文章，詳細闡釋了利用羅氏NimbleGen SeqCap EZ Choice 探針捕獲cDNA后測序的方法。他們認為：與全轉錄組RNA-Seq相比，RNA CaptureSeq是一個更加高效的對基因表達進行定性定量研究的方法。CaptureSeq的方法除了能準確保留除高表達的基因外的其他基因在原來RNA樣本中的相對表達豐度，在樣本制備的過程中還可以引入混樣（multiplex）的操作方法來提高捕獲效率，由此試劑成本也大大降低2。
圖2. SeqCap RNA 靶向捕獲流程，無需專門去除rRNA或進行poly A富集
羅氏即將推出的靶向RNA-Seq產品正是基于與加爾文研究所的合作。SeqCap RNA 序列捕獲系列產品包括針對長鏈非編碼RNA的 lncRNA Enrichment Kit，針對小于7Mb或是長達100Mb的任何用戶感興趣的人類RNA區域的捕獲產品，以及用戶定制的針對長達200Mb非人類RNA目標捕獲產品。同時推出的還有一系列與之配套的樣品制備試劑與完善的實驗流程。屆時，研究者還可以通過升級后的在線探針設計軟件NimbleDesign快速地自行設計屬于自己獨一無二的序列捕獲探針。
羅氏NimbleGen的SeqCap RNA序列捕獲產品將帶來更快的實驗流程，更真實的實驗結果，完美地解決常規的RNA-Seq可能導致的由于目的基因reads數過少而引發的一系列后續數據分析問題。新產品上市在即，敬請期待！
1. SEQC/MAQC-III Consortium. A comprehensive assessment of RNA-seq accuracy, reproducibility and information content by the Sequencing Quality Control Consortium[J]. Nature Biotechnology, 2014.
2. Mercer T R, Clark M B, Crawford J, et al. Targeted sequencing for gene discovery and quantification using RNA CaptureSeq[J]. Nature protocols, 2014, 9(5): 989-1009.
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