一個法國研究小組正在探討通過常規采用下一代測序技術結合陣列比較基因組雜交方式，對晚期癌癥個體的腫瘤活檢標本進行分子篩選的可行性。該小組的目標是引導這些患者進入針對識別腫瘤發生變化的I期臨床試驗治療。

Gustave Roussy研究所的研究人員Antoine Hollebecque上周末在芝加哥的美國臨床腫瘤學年會上簡要介紹了該治療的類選法試驗，即癌癥治療優化的分子篩選或MOSCATO 01。在演示過程中，Hollebecque也略微談及本試驗的中期結果，該試驗于2011年拉開序幕。Hollebecque說，正在進行的MOSCATO項目的成就取決于應用“有目的性”的活檢，以捕捉少量晚期實體瘤個體的原發性或轉移性腫瘤組織，特別是對那些在接受多種標準癌癥治療后經歷了癌癥進展的個體。

根據給定標本中存在的腫瘤細胞的比例，小組成員正提取腫瘤活檢標本的DNA以進行一種或多種形式的分子分析。對于由30%或以上的腫瘤細胞組成的標本，該小組采用了Life Technologies的Ion AmpliSeq癌癥熱點基因面板進行靶向測序。對于由至少一半以上的腫瘤細胞組成的標本，則對給定標本進行的分析應包括CGH微陣列分析——一種追蹤染色體變化的技術。

在每周腫瘤委員會的討論會上，Hollebecque解釋說，一組臨床醫生、生物學家和生物信息學家對每例個體腫瘤中已識別到的基因組變化進行了審查，以確定其是否包含可能受到現有或實驗性治療影響的特定突變。其中，MOSCATO研究者對已接受或未接受靶向治療（如根據患者腫瘤的基因組模式而選用的I期臨床試驗）的無進展生存模式進行了跟蹤。對于接受靶向療法的每例個體，可以將無進展生存期與最近的至進展時間、患者接受的非靶向治療進行比較。

Gustave Roussy研究所MOSCATO 01項目首席研究者Jean-Charles Soria在一封電子郵件中對《臨床測序新聞》說，本臨床試驗的動機旨在為I期患者提供一種“分子治療類選法”。研究小組的努力旨在檢驗這一概念，即以基因組學為基礎的靶向治療可為至少四分之一的入選個體提供臨床受益，這與當前考慮中的晚期癌癥患者組所出現的不良后果相比，有了較大改善。

截至目前，在MOSCATO項目所入選的129例癌癥患者中，研究人員已經可以使用112例個體的活檢材料。所有參與本研究的個體均在接受一或多次現有一線藥物治療后出現了癌癥進展。

Hollebecque說，該小組已經采用Life Technologies公司的Ion AmpliSeq癌癥熱點基因突變面板通過下一代測序對98例接受活檢個體的標本進行了檢測。對于其中的94例，研究人員還采用Agilent（安捷倫）陣列通過aCGH尋找到了染色體水平的改變。本研究的全部分子分析均在Gustave Roussy研究所內完成。到目前為止，已在53例個體中發現起作用的突變——占已接受腫瘤活檢的晚期癌癥患者的一半。

Hollebecque指出，在采用aCGH檢測的標本中，有近四分之三出現了明顯起作用的突變。另一方面，研究人員發現，僅通過靶向基因測序就有近28%的標本出現了最引人關注的遺傳變異。目前，本研究中活檢和分子靶向識別之間的中位時間為21天。其中，所發現的最常見的突變是對成纖維細胞生長因子及其受體的編碼基因造成影響的突變。EGFR、HER2以及細胞周期調節蛋白（cyclin）和PTEN/PI3K/AKT/mTOR途徑的成員的基因突變也較為常見。

研究人員已經能夠在129例的33例中，將患者與基于活檢腫瘤標本突變模式的靶向治療進行匹配。Soria指出，雖然大多數帶有可靶向突變的患者入選了Gustave Roussy研究所目前正在進行的57項I期臨床試驗中的一項，但其中只有少數病例涉及適用于其他癌癥類型的現有治療的藥品核準標示外使用的情況。

Soria認為，雖然部分已證實的DNA結構變化仍然不起作用，但在大多數情況下，將帶有臨床相關基因突變的患者與適當的靶向治療I期臨床試驗相匹配一直是相當容易的。但也有可能存在十分棘手的情況，即為腫瘤中含有多個明顯起作用的基因突變的個體選擇最適當的治療方法。例如，在MOSCATO研究中，研究人員已經遇到了多達5個相關靶點的患者。

該小組對接受基因組學指導性治療的首25例個體的初步隨訪顯示，至少有5例對治療出現了部分反應。另有14例病情穩定，而25例患者中有3例出現進展性疾病。截至目前，Hollebecque、Soria及其同事根據其研究結果得出如下結論：可以將高通量分子分析引入臨床護理，特別是I期臨床試驗治療過程中帶有適當基因組變化的個體，這意味著治療需要針對這些變化進行。

鑒于所有新加入個體的I期臨床試驗的部分緩解率通常在7%至10%之間，該小組在ASCO會議上MOSCATO演示隨附的摘要中指出，源于更多分子靶向試驗入選的I期臨床試驗，部分緩解率目前接近20%。

該小組計劃評估至少900例正在努力接受治療的癌癥晚期個體，預計將在2015年秋季完成。Soria指出，還將對獨特的兒科隊列進行測試。

展望未來，MOSCATO項目組成員將格外關注尋求方法以產生更深層次的序列數據，從而對患者腫瘤的拷貝數模式進行評估。此外，他們還可能在本研究設置內嘗試進行患者腫瘤標本的全外顯子組測序。

Soria指出，法國的第二代個性化臨床試驗將涉及更廣泛的國家級研究，類似于在稱為SAFIR的法國研究中所取得的成果。

本周在芝加哥舉行的ASCO會議上，Gustave Roussy研究所和其他幾個法國研究中心的研究人員提交了SAFIR研究I期階段的信息，即SAFIR01。這項前瞻性的試驗旨在采用分子分析解決靶向治療I期和II期臨床試驗轉移性乳腺癌的匯集個體的可能性。其中，研究設計取決于通過活檢檢測出晚期腫瘤標本的遺傳變異的發現情況。為證實SAFIR01的成果，研究人員已嘗試對逾400例轉移性乳腺癌個體的標本進行測試，這將把轉移性腫瘤活檢標本的aCGH分析與PIK3CA和AKT基因延伸片段的Sanger測序相結合。

SAFIR01研究人員在ASCO會議上提交的研究結果表明，雖然低腫瘤細胞表達阻止了其希望進行檢驗的約四分之一的轉移性活檢標本的基因組測試，但這對轉移性組織的分子測試而言，仍不失為一種提高靶向治療率的有效可行手段。

SAFIR第一階段的數據采集定于明年春天結束。小組成員計劃于今年夏天的某個時候開展一項相關研究，即稱為SAFIR02的隨機試驗。對于采用下一代測序和其他基因組分析方法以便指導癌癥患者進行更常規的治療而言，MOSCATO和SAFIR研究的成員并非關注這一領域的唯一研究人員。例如，在ASCO的另一個研討會上，幾個研究小組的代表簡要介紹了在某些情況下采用分子分析方法（包括測序）進行治療的方案，以將膠質瘤患者引入適當的靶向治療試驗。而在過去的幾年，美國的幾家研究中心已進軍患有罕見疾病、晚期癌癥及/或確診為先天性疾病等患者的臨床測序領域（請參閱CSN 5/29/2013、CSN 3/6/2013、CSN 1/2/2013、CSN 10/3/2012、CSN 3/7/2012和CSN 2/29/2012）。