羅氏454 GS Junior HLA分型獲得歐洲認(rèn)可
GS Junior HLA分型獲得歐洲認(rèn)可
羅氏454測(cè)序在HLA分型方面的應(yīng)用由來(lái)已久。最近，奧地利一實(shí)驗(yàn)室對(duì)臨床樣本通過(guò)GS Junior測(cè)序?qū)崿F(xiàn)了高分辨率分型，該平臺(tái)已經(jīng)于去年底通過(guò)歐洲認(rèn)證，將在納入奧地利的醫(yī)療保險(xiǎn)體系，用于病人移植前配型。負(fù)責(zé)該實(shí)驗(yàn)的研究人員表示通過(guò)GS Junior可以高效、低價(jià)以及高分辨率對(duì)HLA基因進(jìn)行分型，結(jié)果可用于移植前的配型。該實(shí)驗(yàn)室自主建立了測(cè)序前樣本制備自動(dòng)化方案，測(cè)序?qū)嶒?yàn)方案，以及測(cè)序后的生物信息分析流程，結(jié)合GS Junior的高通量單克隆測(cè)序，可以達(dá)到現(xiàn)有的Sanger測(cè)序HLA分型準(zhǔn)確性，而又擁有成本和價(jià)格方面優(yōu)勢(shì)，足以代替原有方法。
在目前的實(shí)驗(yàn)中，一次GS Junior實(shí)驗(yàn)可10個(gè)樣本、每個(gè)樣本17個(gè)外顯子同時(shí)測(cè)序，這些測(cè)序位點(diǎn)既包括常用的HLA基因分型測(cè)序外顯子如HLA I類(lèi)、II類(lèi)基因的第2、3外顯子，而且為進(jìn)行高分辨率判斷，還包括了額外的部分內(nèi)含子和外顯子區(qū)域如HLA-C基因的第7外顯子。
文庫(kù)制備的自動(dòng)化方案依靠Hamilton的自動(dòng)化移液平臺(tái)實(shí)現(xiàn)，僅需要一個(gè)實(shí)驗(yàn)員2個(gè)小時(shí)的手工操作時(shí)間，就可以滿(mǎn)足該平臺(tái)的通量需求，因而保證了GS Junior平臺(tái)的臨床應(yīng)用。數(shù)據(jù)分析方面，采用了Conexio公司的一款基于454測(cè)序數(shù)據(jù)而開(kāi)發(fā)的軟件，實(shí)驗(yàn)室成功建立對(duì)大量數(shù)據(jù)有效數(shù)據(jù)分析流程。
該實(shí)驗(yàn)室在2012年的這一實(shí)驗(yàn)平臺(tái)對(duì)172個(gè)病人進(jìn)行分型，這些病人已有Sanger測(cè)序數(shù)據(jù)以及部分親屬的Sanger測(cè)序結(jié)果。比較后，發(fā)現(xiàn)GS Junior的結(jié)果與Sanger結(jié)果一致，部分結(jié)果甚至達(dá)到了更高的HLA基因型分辨率，從而獲得了平臺(tái)認(rèn)證。
454平臺(tái)之外，該實(shí)驗(yàn)室曾嘗試使用其他二代測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行HLA測(cè)序，但從目前的數(shù)據(jù)結(jié)果來(lái)看其他平臺(tái)的數(shù)據(jù)還不能到達(dá)HLA分型的要求，主要原因在HLA分析對(duì)讀長(zhǎng)要求高，只有在足夠長(zhǎng)的讀長(zhǎng)下才可以保證分型判斷的準(zhǔn)確性。
除了該實(shí)驗(yàn)室自主開(kāi)發(fā)的這一測(cè)試之外，羅氏也有基于454平臺(tái)的HLA分型試劑盒GType HLA Kit可進(jìn)行高分辨率及中分辨率的分型，此外也有其他實(shí)驗(yàn)室在利用454平臺(tái)開(kāi)發(fā)自己的實(shí)驗(yàn)流程。隨著更多這類(lèi)試劑盒及自動(dòng)化方案的推出，相信將為臨床等相關(guān)應(yīng)用提供更多參考信息。
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