萬人藥物基因組項目采用羅氏NimbleGen序列捕獲技術

瀏覽次數(shù)：2216　發(fā)布日期：2012-11-28　來源：本站　本站原創(chuàng)，轉載請注明出處

萬人藥物基因組研究項目采用羅氏NimbleGen序列捕獲技術

來自美國的藥物基因組研究專家將開展一個由一萬人參加的藥物基因組項目，將參加這個的醫(yī)療記錄與他們的基因組信息進行關聯(lián)，這些信息主要包括了84個與藥物應答相關的基因情況。

為了獲得與藥物治療相關的基因信息，研究人員將利用NimbleGen序列捕獲產(chǎn)品，從全基因組DNA中富集這些基因的片段，然后利用二代測序儀進行高深度的測序。此次目標基因包括84個與藥物靶標、藥物轉運、藥物代謝，包括這些基因的全部外顯子區(qū)域、UTR區(qū)域及2Kb外顯子上游的片段。

這個NimbleGen的定制捕獲設計已經(jīng)經(jīng)過了前期實驗的測試，對于千人基因組項目中的96個樣本以及94個臨床樣本進行測試的結果表明，可以獲得500x的目標區(qū)域覆蓋，發(fā)現(xiàn)了在原有測序數(shù)據(jù)中沒有發(fā)現(xiàn)的低頻率突變。平均每個樣本可以獲得1300-1500個SNV，其中30%-50%是新SNV，而且其中9%被預測有功能性�？梢姼呱疃葴y序發(fā)現(xiàn)新型突變的能力。

例如通過這樣的高深度測序，發(fā)現(xiàn)了RYR1一個新的無義突變，這個基因與惡性高熱有關，也與一些致命性的麻醉劑副作用產(chǎn)生有關。這次實驗發(fā)現(xiàn)大量RYR1基因上的功能性突變，許多處于雜合子的狀態(tài)，值得進一步發(fā)掘其臨床意義。

這次的萬人項目將在美國的7個臨床實驗室中進行，所檢測的基因中既包括已知明確地對藥物使用有指導作用的基因如CYP2C1, VKORC1，SLCO1B1及 CYP2C9等，也包括一些已經(jīng)明確對藥物代謝有影響但指導用藥上不明確的基因如AHR等。前者的基因信息將加入到受測者的電子醫(yī)療記錄中直接可以對藥物使用提供參考，而后者可能僅用于藥物基因組數(shù)據(jù)的信息收入及后續(xù)的研究工作。所有測序的結果都將建立數(shù)據(jù)庫，用于更多的研究。

這次項目也被稱做為"preemptive genotyping”，即在參加對象未使用這些藥物前先對相關基因進行分型，這些記錄在病人之后使用這些藥物時即可用于用藥指導，而不需要在用藥前等待這些檢測的結果。類似這樣的項目將幫助更加合理的藥物使用，減少藥物副作用的產(chǎn)生，節(jié)省醫(yī)療開支。

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