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羅氏NimbelGen免費軟件DEVA1.1提供全線產品分析

瀏覽次數:4268 發布日期:2012-3-22  來源:本站 本站原創,轉載請注明出處
NimbelGen免費軟件DEVA1.1提供全線產品分析
 
羅氏NimbelGen提供各種DNA芯片產品包括序列捕獲芯片、比較基因組、甲基化芯片、表達調控芯片及表達譜芯片,以及實驗所需儀器、試劑以及配套軟件。DEVA軟件是目前NimbleGen芯片數據分析配套軟件,可以用于所有NimbleGen芯片的分析。
 
此次推出的新版DEVA1.1是在原來的DEVA 1.02版本上的升級,包含原來版本所有功能的同時,增加了可用于分析NimbleGen最新推出的ISCA Plus細胞遺傳學芯片的模塊,進行樣本的拷貝數改變(CNV)以及雜合性缺失(LOH)的分析。NimbleGen ISCA Plus細胞遺傳學芯片配套有多個設計文件(如ISCA 44K,ISCA 60K,ISCA 105K,ISCA 180K,ISCA 180K plus exon focused content以及ISCA Plus- full design with ISCA, Decipher, OMIM and exon focused content),用不同設計文件可以在DEVA中以不同的分辨率來對實驗結果進行分析,以此產生的分析報告可以方便地與其他CNV/LOH檢測報告的進行比較。在LOH數據分析過程中,用戶可以自行調整一些參數(如Smallest region length以及smallest region significance),來獲取所關注的信息。推薦搭配2GHz的處理器以及8Gb內存以上的電腦,來處理2.1M及4.2M高密度芯片的數據,或者2μm的掃描圖像。
 
此外,DEVA1.1在CGH數據處理中,增加了Waviness Correction以及Background Correction步驟。其中waviness correction利用GC含量的統計數據可更好的發現CNV,background correction則可以提高CGH的shift value。新版本可以分析6x630K格式的芯片,并在使用界面、項目文件管理等方面進行了改進。
 
關于更多DEVA1.1的信息可以瀏覽www.nimblegen.com/deva網頁,同時可以免費下載該軟件、及其使用手冊和教程。NimbleGen將不斷完善DEVA軟件,以期為NimbleGen芯片用戶提供更加優質的芯片實驗體驗以及實驗結果。

DEVA1.1



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