454 測序協助發現皰疹樣病毒與熱帶珊瑚礁的大面積減少有關
為了確定病毒病原體對珊瑚健康衰退的影響，圣地亞哥州立大學的研究人員最近在Forest Rohwer 博士的領導下，用454 生命科學的Genome Sequencer 系統對各種環境壓力下的Porites compressa 珊瑚樣本進行了宏基因組分析。此項研究的目的是重現目前熱帶珊瑚棲息地的生態變化，如pH 降低、養分增加、溫度升高，進而確定它們對珊瑚體內病毒群體的影響。這些實驗發現在環境壓力大的Porites compressa 珊瑚中，一種類似皰疹的病毒呈現高豐度水平。有趣的是，病毒序列在無壓力、健康的樣品中幾乎檢測不到。
盡管珊瑚是熱帶珊瑚礁系統的主要建造者，但人們對它們的微生物學還知之甚少。因此，珊瑚疾病的研究也只是局限在容易培養的細菌和真菌上。454 測序的覆蓋深度及無需克隆步驟，讓它成為無偏向性的大量樣品宏基因組研究的理想選擇。在這項研究中，Genome Sequencer 系統鑒定了15,000 多個與珊瑚相關的病毒序列，其中皰疹病毒是最常見的。第一作者Rebecca Vega Thurber 提到，“目前獲得的大量全面的測序數據讓我發現 ，這種相似性在整個皰疹病毒基因組都具有廣泛且深度的覆蓋，而不是由于數據庫的偏向性。” Rebecca Vega Thurber 之前是圣地亞哥ForestRohwer 實驗室的成員，現在是佛羅里達國際大學生物學的助理教授。“更重要的是，這些序列讓我們用非傳統的方法去檢驗和證實了壓力引起這些皰疹樣病毒產生的假說。”
454 生命科學的總裁及CEO-Christopher McLeod 表示：“Rohwer 博士關于氣候變化如何通過誘導這個系統中病毒群體改變，從而影響熱帶珊瑚礁的研究非常有趣而且重要。我們很高興看到利用我們454 測序系統的長讀長和高通量進行的宏基因組分析，能實現生物學全新領域的探索，如珊瑚病毒學，這在幾年前還無法實現。”盡管還需要進一步研究來了解這些病毒如何影響珊瑚的生理，但現在已很清楚環境壓力不僅導致珊瑚共生體喪失以及細菌和真菌疾病，還引起皰疹樣病毒的增加，這些變化共同作用或許可以解釋伴隨著海洋溫度升高和污染增加出現的珊瑚礁大量死亡的原因。
454生命科學是羅氏應用科學旗下卓越的中心之一，開發并商業化了創新的454測序系統，用于超高通量的DNA測序。具體的應用包括基因組的從頭測序和重測序、宏基因組學、RNA分析和DNA目標區域的定向測序。454測序系統的特點是樣品制備簡單且無偏向性，讀長包括配對末端讀長超長且準確度高。454測序系統的技術已經催生了各個研究領域的幾百項經同行評議的研究，例如癌癥和傳染病研究、藥物篩選、海洋生物學、人類學、古生物學等多個方面。更多信息，請查看http:///。
關于羅氏
總部設在瑞士巴塞爾的羅氏，是一個世界領先的、注重科研的醫藥和診斷產品開發集團。作為世界上最大的生物技術公司，該集團為疾病的早期發現、預防、診斷和治療提供了創新產品和服務，在改善人類健康和生活質量的各個方面都做出了大量貢獻。羅氏公司是體外診斷的世界領先公司，是治療癌癥和器官移植所需藥物的領先供應者，也是病毒學的市場領導者，并活躍在其他主要的治療領域，如自身免疫性疾病，炎癥，代謝及中樞神經系統。2007 年該集團藥品部的銷售總額為368 億瑞士法郎，診斷部的銷售額為93 億瑞士法郎。羅氏公司與眾多的合作伙伴簽訂了研發協議并結成戰略聯盟，包括在美國基因技術公司（Genentech, Inc.）和日本中外制藥株式會社（Chugai Pharmaceutical Co., Ltd.）擁有多數股權，2007 年研發投資超過80 億瑞士法郎。羅氏集團的全球員工總數約8 萬。如需了解更詳細的信息， 請訪問www.roche.com。
454 GS FLX 僅供生命科學研究使用。454 Genome Sequencer FLX 僅供基礎或應用實驗室研究，而不能應用于人體診斷。羅氏診斷不允許454 Genome SequencerFLX 在基礎或應用實驗室研究之外的任何應用，羅氏診斷也不會為其他應用提供支持。
(1) Vega Thurber et al. Metagenomic analysis indicates that stressors induce
production of herpes-like viruses in the coral Porites compressa. (2008) PNAS
105:18413-8.
盡管珊瑚是熱帶珊瑚礁系統的主要建造者，但人們對它們的微生物學還知之甚少。因此，珊瑚疾病的研究也只是局限在容易培養的細菌和真菌上。454 測序的覆蓋深度及無需克隆步驟，讓它成為無偏向性的大量樣品宏基因組研究的理想選擇。在這項研究中，Genome Sequencer 系統鑒定了15,000 多個與珊瑚相關的病毒序列，其中皰疹病毒是最常見的。第一作者Rebecca Vega Thurber 提到，“目前獲得的大量全面的測序數據讓我發現 ，這種相似性在整個皰疹病毒基因組都具有廣泛且深度的覆蓋，而不是由于數據庫的偏向性。” Rebecca Vega Thurber 之前是圣地亞哥ForestRohwer 實驗室的成員，現在是佛羅里達國際大學生物學的助理教授。“更重要的是，這些序列讓我們用非傳統的方法去檢驗和證實了壓力引起這些皰疹樣病毒產生的假說。”
454 生命科學的總裁及CEO-Christopher McLeod 表示：“Rohwer 博士關于氣候變化如何通過誘導這個系統中病毒群體改變，從而影響熱帶珊瑚礁的研究非常有趣而且重要。我們很高興看到利用我們454 測序系統的長讀長和高通量進行的宏基因組分析，能實現生物學全新領域的探索，如珊瑚病毒學，這在幾年前還無法實現。”盡管還需要進一步研究來了解這些病毒如何影響珊瑚的生理，但現在已很清楚環境壓力不僅導致珊瑚共生體喪失以及細菌和真菌疾病，還引起皰疹樣病毒的增加，這些變化共同作用或許可以解釋伴隨著海洋溫度升高和污染增加出現的珊瑚礁大量死亡的原因。
454生命科學是羅氏應用科學旗下卓越的中心之一，開發并商業化了創新的454測序系統，用于超高通量的DNA測序。具體的應用包括基因組的從頭測序和重測序、宏基因組學、RNA分析和DNA目標區域的定向測序。454測序系統的特點是樣品制備簡單且無偏向性，讀長包括配對末端讀長超長且準確度高。454測序系統的技術已經催生了各個研究領域的幾百項經同行評議的研究，例如癌癥和傳染病研究、藥物篩選、海洋生物學、人類學、古生物學等多個方面。更多信息，請查看http:///。
關于羅氏
總部設在瑞士巴塞爾的羅氏，是一個世界領先的、注重科研的醫藥和診斷產品開發集團。作為世界上最大的生物技術公司，該集團為疾病的早期發現、預防、診斷和治療提供了創新產品和服務，在改善人類健康和生活質量的各個方面都做出了大量貢獻。羅氏公司是體外診斷的世界領先公司，是治療癌癥和器官移植所需藥物的領先供應者，也是病毒學的市場領導者，并活躍在其他主要的治療領域，如自身免疫性疾病，炎癥，代謝及中樞神經系統。2007 年該集團藥品部的銷售總額為368 億瑞士法郎，診斷部的銷售額為93 億瑞士法郎。羅氏公司與眾多的合作伙伴簽訂了研發協議并結成戰略聯盟，包括在美國基因技術公司（Genentech, Inc.）和日本中外制藥株式會社（Chugai Pharmaceutical Co., Ltd.）擁有多數股權，2007 年研發投資超過80 億瑞士法郎。羅氏集團的全球員工總數約8 萬。如需了解更詳細的信息， 請訪問www.roche.com。
454 GS FLX 僅供生命科學研究使用。454 Genome Sequencer FLX 僅供基礎或應用實驗室研究，而不能應用于人體診斷。羅氏診斷不允許454 Genome SequencerFLX 在基礎或應用實驗室研究之外的任何應用，羅氏診斷也不會為其他應用提供支持。
(1) Vega Thurber et al. Metagenomic analysis indicates that stressors induce
production of herpes-like viruses in the coral Porites compressa. (2008) PNAS
105:18413-8.
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