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Oligo DNA的人工化學(xué)合成始于50年代初期,1980年全自動的固相DNA合成儀面市后,使得快速、高效合成Oligo DNA成為可能,化學(xué)合成DNA已經(jīng)成為分子生物學(xué)實驗中最基礎(chǔ)的試劑之一。
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現(xiàn)在一般都采用亞磷酰胺化學(xué)合成Oligo DNA片段,具有高效、快速偶聯(lián)以及起始反應(yīng)物比較穩(wěn)定的特點。該方法是在固相載體上完成DNA鏈的合成的,合成時從3'→5'方向進行,通常3'端的第一個堿基結(jié)合在Glass擔體(Controlled Pore Glass,CPG)上。Oligo DNA合成的原理基本相同,主要差別在于合成產(chǎn)率的高低、試劑消耗量和單個循環(huán)用時的不同。我公司采用的合成儀主要機型為ABI3900高通量合成儀。
合成的詳細過程見圖1,現(xiàn)簡要說明如下:
圖1 Oligo DNA合成原理圖。N1代表第一個堿基,N2代表第二個堿基,依次類推。
第一步,三氯乙酸和預(yù)先連接在固相載體(CPG)上的第一個核苷酸反應(yīng)(其活性基團處于被保護狀態(tài)),脫去核苷酸5‘-羥基的保護基團DMT,獲得游離的5‘-羥基;
第二步,活化新的堿基單體(Phosphoramidite),準備與第一個堿基進行反應(yīng);
第三步,合成DNA的原料(亞磷酰胺保護的核苷酸單體)與活化劑四氮唑混合,得到核苷亞磷酸活化中間體,它的3‘端被活化,5‘-羥基仍然被DMT保護,與溶液中游離的5‘-羥基發(fā)生縮合反應(yīng);
第四步,帶帽(capping)反應(yīng),縮合反應(yīng)中可能有極少數(shù)5‘-羥基沒有參加反應(yīng)(少于2%),用乙酸酐和1-甲基咪唑終止其后繼續(xù)發(fā)生反應(yīng),這種短片段可以在純化時分離掉;
第五步,在氧化劑碘的作用下,亞磷酰形式轉(zhuǎn)變?yōu)楦(wěn)定的磷酸三酯。(即將三價磷氧化成五價磷) (重復(fù)進行Step1~Step5的循環(huán),直至合成完所需的Oligo DNA序列)
第六步,合成結(jié)束后,將Oligo DNA分子從CPG上切下,再進行進一步的純化。
合成過程中可以觀察TCA處理階段的顏色判定合成效率。連接在CPG上的引物被切下來,通過, PAGE等手段純化引物,成品引物用C18濃縮、脫鹽,測定OD260定量,根據(jù)定單要求分裝。
我公司合成Oligo DNA制品有如下特點:
1 高質(zhì)量合成。使用進口試劑,合成高質(zhì)量的DNA制品。
2 高純度純化。推出脫鹽純化、PAGE純化、HPLC純化三種級別制品,客戶可根據(jù)實驗需要進行選擇。我們保證對每個制品都進行嚴格的質(zhì)量管理。
3 完善的數(shù)據(jù)。制品包裝中附有制品相關(guān)的多種數(shù)據(jù),包括:合成的原始數(shù)據(jù),A、G、C、T各堿基的分布情況,分子量,OD數(shù),nmol數(shù)等,使用方便。